Nyheter: Forskning Doktorandportratthttp://www.chalmers.se/sv/nyheterNyheter från Chalmers tekniska högskolaSun, 24 Oct 2021 17:13:06 +0200http://www.chalmers.se/sv/nyheterhttps://www.chalmers.se/sv/institutioner/math/nyheter/Sidor/Effektivare-satt-att-approximera-fysikaliska-fenomen.aspxhttps://www.chalmers.se/sv/institutioner/math/nyheter/Sidor/Effektivare-satt-att-approximera-fysikaliska-fenomen.aspxEffektivare sätt att approximera fysikaliska fenomen<p><b>​Carl Lundholm tog sig an ett matematikproblem för värmeledningsekvationen i sitt examensarbete. Sju år senare disputerar han med bland annat ett helt nytt analysramverk för samma problem.</b></p><p>​<img class="chalmersPosition-FloatRight" alt="Carl Lundholm" src="/SiteCollectionImages/Institutioner/MV/Nyheter/carllundholm250x300.jpg" style="margin:5px" />När man ska beskriva fysikaliska fenomen som värmeöverföring och fluidströmning matematiskt använder man sig vanligen av differentialekvationer. Ofta går dessa inte att lösa exakt, utan man får använda sig av metoder som ger approximativa lösningar. En av dessa metoder är finita element-metoden, FEM. Med denna delar man upp (diskretiserar) det geometriska område där man vill lösa differentialekvationen (lösningsdomänen) i många små delar. Ju fler delar man har, desto noggrannare blir den approximativa lösningen. Diskretiseringen av lösningsdomänen ger upphov till ett beräkningsnät som vanligtvis består av trianglar (i två dimensioner) eller tetraedrar (i tre dimensioner).</p> <p>Anta nu att lösningsdomänen innehåller ett objekt som rör på sig. Ett exempel är om man har en snurrande propeller och vill veta hur den får det omgivande vattnet att strömma. Trianglarna i beräkningsnätet deformeras när propellern rör sig och när deformeringen gått för långt så måste man kassera sitt beräkningsnät och räkna fram ett nytt, vilket tar tid och beräkningskraft. Om man slapp skapa nya beräkningsnät hela tiden skulle man kunna lösa komplicerade problem snabbare och billigare. Och det är här som Carls forskning om skuren FEM (CutFEM) på överlappande nät kommer in i bilden: med denna metod kan man skapa ett beräkningsnät kring objektet (propellern) och ett annat i den tomma lösningsdomänen, och flytta in det ena ovanpå det andra och låta det röra på sig. Då behöver man bara räkna fram sina beräkningsnät en enda gång. En klurighet med skuren FEM är dock att få ihop lösningen i skarven mellan de båda näten så sömlöst som möjligt.</p> <h2>Analys och tillämpningar</h2> <p>Innan man börjar tillämpa en approximativ lösning på verkliga problem måste man veta att den producerar bra approximationer till den exakta lösningen – man analyserar metoden. Fram tills nu har analys av skuren FEM på överlappande nät enbart gjorts för stationära (tidsoberoende) problem. En stor del av Carls avhandling handlar därför om att analysera sådana metoder för tidsberoende problem.</p> <p>Tillämpningarna i avhandlingen handlar istället om stationära problem. Ett exempel är att man vill bygga flera hus på en ö och placera dem så lite utsatta för vind som möjligt men samtidigt med bästa möjliga utsikt. Vinden beskrivs då med en differentialekvation och ett beräkningsnät för FEM skapas. För att inte behöva skapa ett nytt nät så snart som man prövar en annan placering av husen använder Carl överlappande nät, och kan använda dem om och om igen för alla konfigurationer.</p> <p>Det viktigaste bidraget i avhandlingen handlar om ett nytt analysramverk. Arbetet som ledde fram till det började Carl som sagt med redan i sitt examensarbete. Han och hans handledare Anders Logg och Mats G. Larson tog då det enklaste tidsberoende problemet, värmeledningsekvationen, och försökte säga något om den med skuren FEM på överlappande nät. Den mer krävande L2-analysen fungerade inte. Då prövade de dels med en enklare energianalysen, dels med enklare nätrörelser då det gick att använda L2-analysen. Eftersom befintliga analysmetoder inte fungerade så fick de med tiden uppfinna ett nytt analysramverk som gjorde det. Det nya analysramverket verkar därmed vara robustare än tidigare existerande sådana.</p> <h2>Ville stänga så få dörrar som möjligt</h2> <p>– Jag läste Kemiteknik med fysik på kandidatnivå och ville delvis hålla det så brett som möjligt, och då hamnade jag här, i matematiken. Jag gillar också idén om att observera naturen och beskriva den matematiskt för att få en djupare förståelse och kunna förutsäga den, vilket FEM bidrar till. FEM har också tilltalat mig för att det både involverar teoretisk analys och mer praktisk programmering.</p> <p>Att brottas med ett problem till och från i flera år har varit både motiverande och frustrerande. Många ”bra” idéer har sedan visat sig inte fungera, men som Carl säger, man kör på ändå eftersom man vill få gjort sitt lilla bidrag till matematiken. Att doktorandtiden här i Sverige innehåller både forskning, undervisning och kurser har också sina sidor, men Carl tycker att de goda överväger – det är visserligen jobbigt när man behöver tiden till forskningen, men bra avbrott när man kör fast och också kan få lite nya idéer och verktyg. Att undervisa är bra för att rekapitulera grunderna och få bekräftat vad man kan.</p> <p>– Det finns nog inget matematikområde som jag är helt ointresserad av och det är roligt att lära sig något helt nytt och bli påmind om varför man började i första hand. Men det kan ta tid att sätta sig in i något på djupet, och ibland behöver man inte gå hela vägen till salstentamen för att det ska vara givande.</p> <p>Härnäst planerar Carl att söka en postdoktorstjänst i Umeå där han kan fortsätta att arbeta med det nya analysramverket och tillämpa det på andra problem för att se hur väl det står sig. Det fungerar väl på standardproblem, men det gör även andra metoder, så nu är han intresserad av att studera bland annat ”konstiga” diskretiseringar, till exempel om man har ett beräkningsnät som deformeras.<br /><br /><em>Carl Lundholm disputerar i matematik med avhandlingen <a href="https://research.chalmers.se/publication/524200">Cut Finite Element Methods on Overlapping Meshes: Analysis and Applications</a></em><em>, </em><em>tisdag den 29 juni kl 13.15 via Zoom. Handledare är Anders Logg, biträdande handledare Mats G. Larson och Klas Modin.</em><br /><br /><strong>Text och foto</strong>: Setta Aspström</p>Mon, 21 Jun 2021 10:00:00 +0200https://www.chalmers.se/sv/institutioner/math/nyheter/Sidor/Matematik-for-effektivare-utveckling-av-lakemedel.aspxhttps://www.chalmers.se/sv/institutioner/math/nyheter/Sidor/Matematik-for-effektivare-utveckling-av-lakemedel.aspxMatematik för effektivare utveckling av läkemedel<p><b>​Matematisk modellering handlar om att lösa verkliga problem och att bättre förstå världen omkring oss. Inom läkemedelsutveckling kan matematisk modellering användas för att bättre förstå ett läkemedels egenskaper och effekter.</b></p><p>​<img class="chalmersPosition-FloatRight" alt="Grafisk illustrattion över en modell för att beskriva ett läkemedel" src="/SiteCollectionImages/Institutioner/MV/Nyheter/Lakemedelsmodell.jpg" style="margin:5px" />När ett läkemedel ska utvecklas kommer man till ett stadium då man gör kliniska studier för att karakterisera läkemedlets egenskaper och effekter på människor. För att bättre förstå och kvantifiera läkemedelseffekten kan man använda matematiska modeller. Det kan till exempel handla om att förstå hur läkemedel beter sig inne i kroppen – deras koncentration över tid, hur de tas upp, distribueras och elimineras, och vilken effekt de har. Dessa modeller benämns ofta med förkortningen PK-PD, där PK står för farmakokinetik och PD för farmakodynamik.</p> <p>Att utveckla modellerna och kalibrera dem mot mätdata är ett komplext och beräkningstungt problem. Jacob Leanders doktorsavhandling presenterar nya beräkningsmetoder och applikationer av dessa, för att göra kalibrering mot mätdata snabbare och effektivare när man bygger modeller. Han har också tittat på en utvidgning av modellerna till så kallade stokastiska modeller.</p> <p><img class="chalmersPosition-FloatRight" alt="Jacob Leander" src="/SiteCollectionImages/Institutioner/MV/Nyheter/jacobleander200x250.jpg" style="margin:5px" />– En av de mer intressanta problemställningarna vi undersökt är hur vi bättre kan utnyttja data som patienterna själva samlar in i hemmet. Ett exempel är studier i astma, där patienterna kan mäta sin lungkapacitet flera gånger om dagen under ett helt år. Det ger förstås väldigt mycket data, och vi har utvidgat de klassiska modellerna till stokastiska modeller för att bättre förstå hur patienternas lungfunktioner varierar över tid och hur läkemedlet påverkar detta.</p> <h2>Växande område för matematiker</h2> <p>Detta kan vara ett av de första exemplen av modellbaserad analys av hemmätningar som gjorts, och Jacob hoppas att det i framtiden kan bli ett komplement till nuvarande analysmetoder. Bland annat skulle det kunna användas för att designa mer informativa kliniska studier, till exempel genom att kunna minska antalet patienter i studien. Detta är positivt både ur ett etiskt och ett ekonomiskt perspektiv. I avhandlingen utvecklas även metoderna i sig. En ny metod för modellkalibrering har utvecklats, och denna metod är nu tillgänglig i en av de mest använda programvarorna för modellering av PK-PD. Modellerna som sådana är generella och metoderna kan därför användas inom många områden där man mäter på flera enheter och över tid, till exempel för variabilitet på cellnivå. </p> <p>De senaste åren har läkemedelsutveckling haft ett stort fokus mot att ta in matematiska modeller för att kunna ta beslut under utvecklingens gång, som vilken dos man ska använda i en klinisk studie och för vilka patienter som ett läkemedel kan förväntas få bäst effekt. Utvecklingen av datorer möjliggör också allt mer komplexa beräkningar och simuleringar. Framtiden för matematiker är ljus – det behövs många modellerare inom fältet! </p> <h2>Arbete och studier parallellt</h2> <p>Jacob har alltid gillat matematik, fysik och problemlösning. Han började studera på Teknisk fysik 2007, men när Teknisk matematik startade ett år senare bytte han program. Främsta skälet var att Teknisk matematik hade mer fokus på matematik och programmering, något han sedan haft stor nytta av i sitt yrkesliv. De första åren var Jacob väldigt inne på finansmatematik men då han blev erbjuden att göra sitt examensarbete för AstraZeneca svängde han om. Jacob tog sin masterexamen 2012 och därefter studerade han på Advanced Engineering in Mathematics (AEM), ett tvåårigt licentiatprogram med nära anknytning till industrin.</p> <p>– Jag hade gärna velat fortsätta till doktorsexamen redan då, men programmet var inte upplagt så, utan jag började jobba som farmakometriker på AstraZeneca 2015 med liknande saker som jag gjorde i min licentiatexamen. Efter några år så öppnades en möjlighet att starta ett forskningsprojekt och bli industridoktorand på deltid. Det var faktiskt AstraZeneca som tog initiativet och mitt projekt ligger väldigt nära det jag gör annars i mitt dagliga arbete.</p> <p>Så sedan 2017 har Jacob arbetat halvtid och studerat till doktor den andra halvtiden, knuten till FCC (Fraunhofer-Chalmers Research Centre for Industrial Mathematics). Det har inte alltid varit helt lätt att få ihop det men han tycker ändå att det har gått över förväntan, och inte minst har man fått fram intressanta resultat som man kommer att fortsätta att utveckla i samarbete mellan FCC och AstraZeneca.</p> <p>– Det har varit positivt att jag själv kunnat styra ganska mycket vilka kurser jag läst, att det funnits en frihet i att avgöra vad som är relevant för mig, till exempel läste jag en kurs i Uppsala om Monte Carlo-metoder för dynamiska system. Det är spännande att nätverka med doktorander och upptäcka att andra håller på med liknande saker. Som industridoktorand har man tyvärr inte så starka kopplingar till institutionen, jag tycker att det vore bra om man kunde ha mer kontakter och knyta bättre nätverk med akademin.<br /><br /><em>Jacob Leander disputerar i tillämpad matematik och matematisk statistik med avhandlingen <a href="https://research.chalmers.se/publication/523650">Mixed Effects Modelling of Deterministic and Stochastic Dynamical Systems – Methods and Applications in Drug Development</a>, fredag den 4 juni kl 10.00 via Zoom. Handledare är Mats Jirstrand, biträdande handledare är Marija Cvijovic.</em><br /><br /><strong>Text</strong>: Setta Aspström<br /><strong>Bild</strong>: Grafisk illustration över en modell för att beskriva ett läkemedels koncentration och effekt, Jacob Leander<br /><strong>Foto</strong>: privat</p>Thu, 27 May 2021 09:35:00 +0200https://www.chalmers.se/sv/institutioner/e2/nyheter/Sidor/Exjobb-tar-radartekniken-in-i-AI-varlden.aspxhttps://www.chalmers.se/sv/institutioner/e2/nyheter/Sidor/Exjobb-tar-radartekniken-in-i-AI-varlden.aspxExjobb tar radartekniken in i AI-världen<p><b>​Att radarteknik i kombination med maskininlärning är ett framgångsrecept har Erik Wallin bevisat. Hans exjobb, nu belönat med ett stipendium från Flygtekniska föreningen, gav honom en anställning på Saab direkt efter studierna. Det har i sin tur lett vidare till att han inleder en forskarkarriär som industridoktorand på Chalmers. Ämnet för doktorsavhandlingen? Radarteknik och maskininlärning, förstås!</b></p><div><span style="background-color:initial">I drygt tio år har Flyg- och rymdtekniska föreningen delat ut stipendium till årets bästa examensarbete på Chalmers med anknytning till flyg- eller rymdteknik. Bland de fyra nominerade masteruppsatserna från 2019 var det en som stack ut både när det gäller innehåll och rapportens utformning; Erik Wallins uppsats ”Detecting Jamming and Interference in Airborne Radar Using Convolutional Neural Networks”.</span><br /></div> <div><br /></div> <div><img src="/SiteCollectionImages/Institutioner/E2/Nyheter/Exjobb%20tar%20radartekniken%20in%20i%20AI-världen/ErikWallin_DSC_9095_300x420px.jpg" class="chalmersPosition-FloatRight" alt="Erk Wallin" style="margin:5px;width:200px;height:270px" />– Det är jätteroligt att mitt exjobb blev så uppskattat, säger Erik Wallin som fick extra beröm från stipendiekommittén för sitt sätt att skriva rapporten så att även personer som inte är insatta i ämnesområdet kan förstå.</div> <div><br /></div> <div>I sin masteruppsats undersökte han hur maskininlärning kan användas som verktyg för att klassificera och särskilja olika typer av störningar och interferens som ett flygradarsystem kan bli utsatt för.</div> <div><br /></div> <div>– Moderna flygradarsystem behöver klara att utsättas för både analogt störningsbrus och digitala störningsangrepp, förklarar Erik. Digitala störningar är svårare att upptäcka och hantera, då de kan döljas i andra signaler. Med hjälp av simulerade data tränade jag upp ett neuralt nätverk så att det kan användas för att skilja ut och klassificera olika typer av störningar.</div> <div><br /></div> <div>Uppgiften lyckades med beröm godkänt. I prismotiveringen konstateras: ”Resultaten visar att framtida radarsystem kan göras avsevärt mer robusta mot flertalet typer av störningar. En effektiv klassificering av störning och interferens i radardata är också ett viktigt steg mot en kognitiv radar, ett högaktuellt forskningsområde, som innebär att en radar autonomt anpassar och optimerar sitt beteende till aktuell omgivning.”</div> <div><br /></div> <div><strong>Exjobb som ledde till anställningskontrakt</strong></div> <div>Erik gick Teknisk fysik på Chalmers och valde masterprogrammet Complex Adaptive Systems. Efter sin examen fick han direkt en anställning på Saab Surveillance i Kallebäck.</div> <div><br /></div> <div>– Mina år som student på Chalmers har gett mig en bra grund inför yrkeslivet, säger han. Speciellt har jag haft nytta av kurserna i matte och fysik. Radarteknik är nytt för mig, så det har jag fått sätta mig in i efter hand på Saab.</div> <div><br /></div> <div>Nu väntar nästa utmaning. Erik har precis börjat en tjänst som industridoktorand i forskargruppen Signalbehandling, där han kommer att lägga 80 procent av sin tid på Chalmers och resterade på Saab. Han kommer att ingå i forskningsprogrammet WASP, Wallenberg Artificial Intelligence, Autonomous Systems and Software Program.</div> <div><br /></div> <div>– Det här är en chans jag inte vill missa, säger han. Exjobbet gav mig insikten att jag trivs med att på egen hand utforska ett problem som ingen annan löst tidigare. Samtidigt får jag förmånen att lära mig av den akademiska miljön under fem års doktorandstudier.</div> <div><br /></div> <div><strong>Är det en fågel eller en drönare?</strong></div> <div>Ett problem Erik nu ger sig i kast med är att lära sensorsystem att skilja på flygande fåglar och drönare.</div> <div><br /></div> <div>– Jag kommer att jobba med artificiell intelligens i så kallat halv-väglett lärande, där både etiketterade och icke-etiketterade data används för att träna ett datorprogram att klara uppgiften. Vanligtvis sker det genom analys av stora mängder bilder, men här kommer jag istället att använda radardata. Den varan finns det gott om på Saab!</div> <div><br /></div> <div>Text och foto: Yvonne Jonsson</div> <div><br /></div> <div><strong>Mer om den belönade masteruppsatsen</strong></div> <div> <a href="https://odr.chalmers.se/bitstream/20.500.12380/300626/1/WallinErik_2019.pdf" target="_blank">“Detecting Jamming and Interference in Airborne Radar Using Convolutional Neural Networks”</a></div> <div>Arbetet gjordes på Saab Surveillance i Göteborg. Handledare på Saab var Albert Nummelin och examinator på Chalmers var Thomas Rylander, biträdande professor vid institutionen för Elektroteknik. </div> <div><br /></div> <div><a href="https://ftfsweden.se/" target="_blank"><img class="ms-asset-icon ms-rtePosition-4" src="/_layouts/images/icgen.gif" alt="" />Läs mer om Flyg- och rymdtekniska föreningen (FTF)</a></div> <div><br /></div> Fri, 25 Sep 2020 00:00:00 +0200https://www.chalmers.se/sv/institutioner/math/nyheter/Sidor/Matematik-med-celler-i-fokus.aspxhttps://www.chalmers.se/sv/institutioner/math/nyheter/Sidor/Matematik-med-celler-i-fokus.aspxMatematik med celler i fokus<p><b>​Adam Maliks doktorsavhandling använder matematik för att lösa problem inom biologi, närmare bestämt frågor kring cellmigration och cellpolarisering. </b></p><p>​<img width="200" height="250" class="chalmersPosition-FloatRight" alt="Matematisk representation av en cell" src="/SiteCollectionImages/Institutioner/MV/Nyheter/CellCartoon200x250.jpg" style="margin:5px" />– Vi vill veta vad som styr hur celler beter sig och vad som får dem att göra det som de gör. Om man till exempel ska kunna behandla cancer är det bra om man förstår hur cancercellerna beter sig.</p> <p>Cellmigration är processer när cellerna rör på sig, och ett stort tillämpningsområde är hur cancerceller rör sig iväg från en tumör. Men även fosterutveckling innebär cellmigration, när fostret bildas och utvecklar olika organ. Adam har undersökt hur de mekaniska egenskaperna hos vävnaden påverkar cellernas rörelse. Ett fenomen som kallas durotaxis innebär att cellerna rör sig mot styvare regioner i vävnaden. Detta har betydelse för cancerbehandling, då en tumör kan påverka hur cellerna sprider ut sig i intilliggande vävnader. De matematiska modeller som Adam tagit fram är slumpmodeller och PDE-modeller, och syftar till att kunna förutsäga cellmigrationen.</p> <h2>Polarisering vid celldelning</h2> <p>Tillsammans med två andra doktorander på Matematiska vetenskaper har Adam även undersökt cellpolarisering, som är den process som gör att cellen får en riktning. Den polariserar sig och får en ”framdel” och en ”bakdel”, och hur detta sker är också viktigt för dess rörelser. Projektet har främst studerat polariseringen i samband med celldelning. Att doktorera i matematik kan ofta vara ett ganska ensamt arbete, och Adam och de andra doktoranderna satte aktivt samman ett projekt som passade dem alla tre.</p> <p><img width="220" height="238" class="chalmersPosition-FloatLeft" alt="Adam Malik" src="/SiteCollectionImages/Institutioner/MV/Nyheter/adammalik220x238.jpg" style="margin:5px" />Adam hoppas kunna fortsätta sitt arbete som postdoktor i Uppsala, som han redan samarbetat med i ett av avhandlingens projekt. Han gjorde sin kandidatutbildning i Uppsala för att fortsätta med en master på University of Oxford. Sedan letade han doktorandtjänster både i Sverige och utomlands. Tjänsten i Göteborg som han haft fick han syn på online och det var en av de första som han sökte.</p> <p>– Jag har lärt mig väldigt mycket under mina doktorandår. Om jag kunde göra om dem skulle jag ha planerat lite annorlunda, men det är bara ett tecken på vad jag nu har lärt mig. Det har varit väldigt fritt. Även om det var bestämt att området skulle vara cellmigration så har jag kunnat bestämma över detaljerna och kunnat rikta in mig mot det jag tyckt varit mest intressant. Det har också varit väldigt roligt om än tufft att få sätta sig in det helt annorlunda området biologi. Man behöver förstå biologin för att kunna använda matematiken för den på ett bra sätt.<br /><br /><em>Adam Malik disputerar i tillämpad matematik och matematisk statistik med avhandlingen ”<a href="https://research.chalmers.se/publication/519311">Mathematical modelling of cell migration and polarization</a>”, fredag den 2 oktober kl 10.00 i Pascal, Chalmers tvärgata 3, och via Zoom. Handledare är Philip Gerlee, biträdande handledare Bernt Wennberg.</em><br /><br /><strong>Text</strong>: Setta Aspström<br /><strong>Foto</strong>: Adam Malik<br /><strong>Illustration</strong>: Matematisk representation av en cell, Adam Malik</p>Thu, 24 Sep 2020 18:15:00 +0200https://www.chalmers.se/sv/institutioner/bio/nyheter/Sidor/Unik-Chalmersmetod-ger-ny-kunskap-om-reparation-av-DNA-skador.aspxhttps://www.chalmers.se/sv/institutioner/bio/nyheter/Sidor/Unik-Chalmersmetod-ger-ny-kunskap-om-reparation-av-DNA-skador.aspxNy metod ökar kunskap om reparation av DNA-skador<p><b>​DNA-brott som lagas felaktigt kan orsaka stor skada på celler vilket i sin tur kan leda till celldöd eller sjukdomar som till exempel cancer. Med en ny metod har forskare från Chalmers nu identifierat en ny roll för proteinet CtIP som är en viktig komponent vid reparation av DNA-brott i människans celler.</b></p><div><span style="color:rgb(33, 33, 33);background-color:initial">− CtIP har ett flertal funktioner vid reparation a</span><span style="color:rgb(33, 33, 33);background-color:initial">v DNA-brott. Vi tror att den nya rollen vi har identifierat är en viktig pusselbit för att förstå hur våra celler reparerar sådana brott. En större förståelse för reparation av DNA-skador kan öka förståelsen för hur och varför vi drabbas av vissa sjukdomar, säger <strong>Fredrik Westerlund</strong>, biträdande professor i kemisk biologi.</span></div> <div><img src="/SiteCollectionImages/Institutioner/Bio/ChemBio/FredrikWesterlund_340x400.jpg" alt="Bild på Fredrik Westerlund" class="chalmersPosition-FloatRight" style="color:rgb(33, 33, 33);background-color:initial;width:320px;height:376px" /></div> <p class="chalmersElement-P"> </p> <p class="chalmersElement-P"><span>D</span><span>NA skadas och går sönder hela tiden i celler hos alla sorters organismer, från bakterier till människor. Om en DNA-sträng går av helt och inte lagas korrekt är risken stor för mutationer i genomet. Detta kan leda till att cellen dör eller till olika sjukdomar, till exempel cancer. </span><span><br /></span></p> <p class="chalmersElement-P"> </p> <div><p class="chalmersElement-P"> </p> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <p class="chalmersElement-P"> </p> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <p class="chalmersElement-P"> </p> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <p class="chalmersElement-P"> </p> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <p class="chalmersElement-P"> </p> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <p class="chalmersElement-P"> </p> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <p class="chalmersElement-P"> </p> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <p class="chalmersElement-P">Alla celler har därför utvecklat olika system för att reparera brott på DNA. Kunskap om hur systemen för DNA-reparation fungerar, och varfö​r det ibland går fel, kan ge ökad kunskap om sjukdomar - eller användas för att utveckla nya läkemedel.</p> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <p class="chalmersElement-P"> </p> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <p class="chalmersElement-P"> </p> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <p class="chalmersElement-P"> </p> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <p class="chalmersElement-P"> </p> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <p class="chalmersElement-P"> </p> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <p class="chalmersElement-P"> </p> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <p class="chalmersElement-P"> </p> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <h2 class="chalmersElement-H2">CtIP nödvändigt för DNA-reparation</h2> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <p class="chalmersElement-P">Tidigare forskning har visat att proteinkomplexet MRN är en viktig komponent vid reparation av så kallade dubbelsträngsbrott, när DNA-molekylen slits isär. Det är också känt att proteinet CtIP, som är en så kallad kofaktor till MRN, är viktigt för flera av de senare stegen i DNA-reparationen. </p> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <p class="chalmersElement-P"> </p> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <p class="chalmersElement-P"> </p> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <p class="chalmersElement-P"> </p> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <p class="chalmersElement-P"> </p> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <p class="chalmersElement-P"> </p> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <p class="chalmersElement-P"> </p> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <p class="chalmersElement-P"> </p> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <p class="chalmersElement-P"><span>​− </span>I vår senaste studie har vi visat att CtIP även är delaktigt i de första stegen av reparationen, där de fria DNA-ändarna kopplas till varandra för att reparation ska kunna påbörjas, säger Robin Öz, doktorand i kemisk biologi och förstaförfattare till <a href="https://www.pnas.org/content/117/35/21403">studien som nyligen publicerades i den vetenskapliga tidskriften PNAS</a> .</p> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <p class="chalmersElement-P"> </p> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <p class="chalmersElement-P"> </p> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <p class="chalmersElement-P"> </p> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <p class="chalmersElement-P"> </p> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <p class="chalmersElement-P"> </p> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <p class="chalmersElement-P"> </p> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <p class="chalmersElement-P"> </p> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <h2 class="chalmersElement-H2">Metod möjliggör studier av fria DNA-ändar</h2> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <p class="chalmersElement-P">I studien har man använt sig av en ny metod som utvecklas i Fredrik Westerlunds forskargrupp på institutionen för biologi och bioteknik. Med metoden, som baseras på nanofluidik, studeras enstaka DNA-molekyler med hjälp av fluorescensmikroskopi. I fri lösning veckar DNA ihop sig till små nystan, men i så kallade nanokanaler, tunna glasrör, tvingas de långa molekylerna att sträcka ut sig</p> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <p class="chalmersElement-P"> </p> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <p class="chalmersElement-P"> </p> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <p class="chalmersElement-P"> </p> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <p class="chalmersElement-P"> </p> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <p class="chalmersElement-P"> </p> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <p class="chalmersElement-P"> </p> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <p class="chalmersElement-P"> </p> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <p class="chalmersElement-P"><span>​− </span>Många existerande metoder för att titta på enskilda DNA-molekyler är baserade på att hålla fast DNAt i ändarna, vilket medför att proteinerna inte kan binda in där. Eftersom DNA-ändarna är fria i vår metod kan man studera olika processer som sker på ändarna när olika proteiner tillsätts. Detta är unikt och gör att vi har kunnat karaktärisera den här funktionen hos CtIP, säger Robin Öz.   </p> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <p class="chalmersElement-P"> </p> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <p class="chalmersElement-P"> </p> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <p class="chalmersElement-P"> </p> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <p class="chalmersElement-P"> </p> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <p class="chalmersElement-P"> </p> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <p class="chalmersElement-P"> </p> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <p class="chalmersElement-P"> </p> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div></div> <div> </div> <h2 class="chalmersElement-H2"> <span>Mekanismer kan förklara uppkomst av vissa sjukdomar</span></h2> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <p class="chalmersElement-P"><span>Projektet är ett samarbete med professor Petr Cejka på IRB i Bellinzona, Schweiz, som är biokemist med expertis inom reparation av DNA-brott. Han har tillgång till ett flertal smart designade varianter av CtIP som har gjort att Chalmersforskarna har kunnat bestämma vilka delar av proteinet som är viktiga för att hålla fast DNA-ändarna. Proteinet ser ut ungefär som en hantel, där de två ändarna av ”hanteln” möjliggör att två olika DNA-strängar kan hållas nära varandra. </span></p> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <p class="chalmersElement-P"> </p> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <p class="chalmersElement-P"> </p> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <p class="chalmersElement-P"> </p> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <p class="chalmersElement-P"> </p> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <p class="chalmersElement-P"> </p> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <p class="chalmersElement-P"> </p> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <p class="chalmersElement-P"> </p> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <p class="chalmersElement-P"><span>​− </span>Att förstå hur CtIP fungerar vid reparation av DNA-brott är ett litet steg framåt för förståelse av DNA-reparation. Att förstå mekanismerna kring reparationen är viktigt för att förstå varför vissa sjukdomar uppkommer, till exempel flera olika sorters cancer. Studier har till exempel visat att CtIP nästan inte finns alls i tumörceller i vissa aggressiva former av bröstcancer, säger Fredrik Westerlund. </p> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <p class="chalmersElement-P"> </p> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <p class="chalmersElement-P"> </p> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <p class="chalmersElement-P"> </p> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <p class="chalmersElement-P"> </p> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <p class="chalmersElement-P"> </p> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <p class="chalmersElement-P"> </p> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <p class="chalmersElement-P"> </p> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div><h2 class="chalmersElement-H2"><span>Nästa steg: Hur hålls DNA-ändar ihop?​​<br /></span></h2> <p class="chalmersElement-P"><span>Nästa steg är att studera om ​− och i så fall hur ​− CtIP samarbetar med MRN för att hålla ihop DNA-ändar. Det är känt att CtIP hjälper MRN vid flera andra steg av DNA-reparationen men ingen har ännu studerat hur de växelverkar i detta inledande steg. </span></p></div> <p class="chalmersElement-P"> </p> <p class="chalmersElement-P"> </p> <p class="chalmersElement-P"> </p> <p class="chalmersElement-P"> </p> <p class="chalmersElement-P"> </p> <p class="chalmersElement-P"> </p> <p class="chalmersElement-P"> </p> <p class="chalmersElement-P"> </p> <p class="chalmersElement-P"> </p> <p class="chalmersElement-P"> </p> <p class="chalmersElement-P"> </p> <p class="chalmersElement-P"> </p> <p class="chalmersElement-P"> </p> <p class="chalmersElement-P"> </p> <p class="chalmersElement-P"> </p> <p class="chalmersElement-P"> </p> <p class="chalmersElement-P"> </p> <p class="chalmersElement-P"> </p> <p class="chalmersElement-P"> </p> <p class="chalmersElement-P"> </p> <p class="chalmersElement-P"> </p> <p class="chalmersElement-P"> </p> <p class="chalmersElement-P"> </p> <p class="chalmersElement-P"> </p> <p class="chalmersElement-P"> </p> <p class="chalmersElement-P"> </p> <p class="chalmersElement-P"> </p> <p class="chalmersElement-P"> </p> <p class="chalmersElement-P"> </p> <p class="chalmersElement-P"> </p> <p class="chalmersElement-P"> </p> <p class="chalmersElement-P">Studien är en del av Robin Öz doktorsavhandling som försvaras den 20 november 2020 och är också den första studien relaterade till det ERC Consolidator-anslag som Fredrik Westerlund fick 2019 för projektet ”Next generation nanofluidics for single molecule analysis of DNA repair dynamics”. </p> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <p class="chalmersElement-P"> </p> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <p class="chalmersElement-P"> </p> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <p class="chalmersElement-P"> </p> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <p class="chalmersElement-P"> </p> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <p class="chalmersElement-P"> </p> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <p class="chalmersElement-P"> </p> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <p class="chalmersElement-P"> </p> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <p class="chalmersElement-P"><strong style="background-color:initial">Text: </strong><span style="background-color:initial">Susanne Nilsson Lindh</span><br /></p> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <p class="chalmersElement-P"> </p> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <p class="chalmersElement-P"> </p> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <p class="chalmersElement-P"> </p> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <p class="chalmersElement-P"> </p> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <p class="chalmersElement-P"> </p> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <p class="chalmersElement-P"> </p> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <p class="chalmersElement-P"> </p> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <p class="chalmersElement-P"><strong>Foto:</strong> Martina Butorac och Johan Bodell</p> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <p class="chalmersElement-P"> </p> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <p class="chalmersElement-P"> </p> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <p class="chalmersElement-P"> </p> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <p class="chalmersElement-P"> </p> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <p class="chalmersElement-P"> </p> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <p class="chalmersElement-P"> </p> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <p class="chalmersElement-P"> </p> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <p class="chalmersElement-P"><br /></p> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <p class="chalmersElement-P"> </p> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <p class="chalmersElement-P"> </p> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <p class="chalmersElement-P"> </p> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <p class="chalmersElement-P"> </p> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <p class="chalmersElement-P"> </p> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <p class="chalmersElement-P"> </p> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <p class="chalmersElement-P"> </p> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <p class="chalmersElement-P"><strong>Läs hela studien i PNAS:</strong></p> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <p class="chalmersElement-P"> </p> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <p class="chalmersElement-P"> </p> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <p class="chalmersElement-P"> </p> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <p class="chalmersElement-P"><a href="https://www.pnas.org/content/117/35/21403">Phosphorylated CtIP bridges DNA to promote annealing of broken ends​</a> </p> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <p class="chalmersElement-P"> </p> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <p class="chalmersElement-P"> </p> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <p class="chalmersElement-P"> </p> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <p class="chalmersElement-P"><br /></p> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <p class="chalmersElement-P"> </p> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <p class="chalmersElement-P"> </p> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <p class="chalmersElement-P"> </p> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <p class="chalmersElement-P"> </p> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <p class="chalmersElement-P"> </p> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <p class="chalmersElement-P"> </p> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <p class="chalmersElement-P"> </p> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <p class="chalmersElement-P"><strong>Läs mer om Fredrik Westerlunds forskning: </strong></p> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <p class="chalmersElement-P"> </p> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <p class="chalmersElement-P"> </p> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <p class="chalmersElement-P"> </p> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <p class="chalmersElement-P"> </p> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <p class="chalmersElement-P"> </p> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <p class="chalmersElement-P"> </p> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <p class="chalmersElement-P"> </p> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <p class="chalmersElement-P"><ul><li><a href="/sv/institutioner/bio/nyheter/Sidor/ERC-anslag-for-ny-metod-att-studera-DNA-reparation.aspx">ERC-anslag för ny metod att studera DNA-reparation </a></li> <li><a href="/sv/institutioner/bio/nyheter/Sidor/Hans-metoder-kan-leda-till-battre-cancerbehandlingar.aspx">Hans metoder kan leda till bättre cancerbehandlingar </a></li></ul></p> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <p class="chalmersElement-P"> </p> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <p class="chalmersElement-P"> </p> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <p class="chalmersElement-P"> </p> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <p class="chalmersElement-P"> </p> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <p class="chalmersElement-P"> </p> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <p class="chalmersElement-P"> </p> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <p class="chalmersElement-P"> </p> <div> </div> <div> </div> <div> </div> </div> <p class="chalmersElement-P"> </p> <p class="chalmersElement-P"> </p> <p class="chalmersElement-P"> </p> <p class="chalmersElement-P"> ​​</p> <p class="chalmersElement-P"> </p> <p class="chalmersElement-P"> </p> <p class="chalmersElement-P"> ​</p>Thu, 03 Sep 2020 12:00:00 +0200https://www.chalmers.se/sv/institutioner/ims/nyheter/Sidor/Automatiserade-fordons-beteende-paverkar-var-tillit.aspxhttps://www.chalmers.se/sv/institutioner/ims/nyheter/Sidor/Automatiserade-fordons-beteende-paverkar-var-tillit.aspxAutomatiserade fordons beteende påverkar vår tillit<p><b>​​Om vi ska våga färdas med automatiserade fordon så måste dessa inte bara vara säkra rent tekniskt, utan vi som passagerare måste också känna oss trygga med fordonets beteende. Fredrick Ekman presenterar i sin licentiatavhandling hur design påverkar tilliten till automatiserade fordon.</b></p><div>För att vi ska känna oss trygga i ett automatiserat fordon så behöver vi inte bara veta att det är säkert rent statistiskt. ​När man designar fordonets beteende behöver man också skapa en tillräckligt hög grad av tillit i specifika trafiksituationer. Självklart måste automatiserade fordon vara faktiskt säkra och visa på låga olyckstal. ​Men om vi känner oss osäkra på fordonets beteende så kommer vi ändå vara motvilliga till att använda det. Eller om vi är för säkra på beteendet i relation till det automatiserade fordonets egentliga förmåga så kan det leda till olyckor.<br /></div> <div> </div> <div><h2 class="chalmersElement-H2">Beteende​t måste designas utifrån olika trafikhändelser</h2></div> <div>​<span style="text-align:left;text-transform:none;text-indent:0px;letter-spacing:normal;font-family:&quot;open sans&quot;, sans-serif;font-size:14px;font-style:normal;font-variant:normal;font-weight:300;text-decoration:none;word-spacing:0px;white-space:normal;float:none;display:inline !important">Tilliten till det automatiserade fordonet börjar redan innan färden när vi lär oss förstå hur fordonet fungerar. </span>Vi påverkas också av hur vi lär oss nya saker om fordonet under själva färden. Utifrån dessa situationer så är det viktigt att mängden information som kommer från och om det automatiserade fordonet är adekvat.</div> <br /><div>Under själva färden så måste intentionerna vara klara och tydliga för passagerarna. Vid till exempel en korsning eller ett stopp så är det viktigt att fordonet saktar ner eller bromsar in mjukt, men samtidigt tydligt så användaren uppfattar att fordonet har kontroll på situationen. Ju mer komplex trafiksituation, och upplevd risk för sig själv och andra, desto tydligare behöver intentionerna vara för att vi ska känna oss trygga. Det handlar alltså om att designa fordonets beteende utifrån olika typer av händelser.</div> <br /><div><h2 class="chalmersElement-H2">Respekt och helhetsupplevelsen är viktigt för tilliten</h2></div> <div><img src="/SiteCollectionImages/Institutioner/IMS/Design%20and%20Human%20Factors/Automatiseradefordon_beteende_590px.jpg" alt="Automatiserade fordon" class="chalmersPosition-FloatRight" style="margin:10px 15px;width:331px;height:183px" />Trygghet är också kopplad till vårt behov av att känna oss respekterade och bli välvilligt bemötta, vilket även verkar gälla i vår kontakt med maskiner. Studier visar tydligt att tilliten påverkades av det automatiserade fordonets bemötande av andra trafikanter, vilket i sin tur påverkade användarens tillit till fordonet.  Det som framförallt påverkade användarens tillit var den upplevda välviljan och respekt det automatiserade fordonet gav gentemot andra trafikanter, då framförallt gångtrafikanter och cyklister. </div> <div><br /> </div> <div><em><strong>Vad är det viktigaste du har kommit fram till hittills Fredrik?</strong><br /></em></div> <div>– Som utvecklare av automatiserade fordon är det viktigt att förstå att tilliten är kopplad till en helhetsupplevelse. Det går alltså inte att enbart se till enskilda signaler som sänds ut från fordonet, utan man måste hela tiden se till kombinationen av alla signaler. Signaler som är kommunicerade från displayer i bilen, men också från den automatiserade bilens körbeteende och att dessa är koherenta och skapar en ’gestalt’ som är upplevd som tillitsfull i relation till det automatiserade fordonets faktiska prestanda. <br /> </div> <div><div><em><strong>Vågar du åka med automatiserade fordon? </strong></em></div> –<span style="display:inline-block">  </span>Ja, det gör jag absolut, men jag ser också till att medvetet utvärdera det automatiserade systemet medans jag använder det för att så gott som möjligt förstå när och när inte systemet bör användas. Jag tror på tekniken men det viktiga här är inte när eller om det kommer att fungera, utan det handlar om att utvecklare måste vara mycket tydliga och transparenta med hur systemen fungerar och mycket tydligt kommunicera när det kan eller inte kan användas. <span style="display:inline-block"></span><br /></div> <br /><em><strong>Vad kommer du forska vidare på?</strong></em><br /><div>–<span style="display:inline-block">  </span>Jag kommer att försöka utvärdera och vidareutveckla, den i dagsläget, tentativa modellen över hur tillit kommuniceras från utvecklare till användare genom automatiserade system. Detta kommer att göras genom att titta vidare på andra typer av automatiserade artefakter såsom last-mile robotar. Last mile delivery (LMD) robots är små robotar med hjul som kör helt själva med små paket från en hub vidare till andra mottagare som till exempel privatpersoner.</div> <div><br /> </div> <div><h2 class="chalmersElement-H2">Läs avhandlingen</h2> <div><a href="https://research.chalmers.se/publication/517220">Designing for Appropriate Trust in Automated Vehicles</a></div> <div><a href="/sv/personal/Sidor/ekmanfr.aspx">Fredrick Ekman</a><br /></div></div>Mon, 29 Jun 2020 10:00:00 +0200https://www.chalmers.se/sv/institutioner/bio/nyheter/Sidor/Unga-gener-kan-vara-nyckeln-till-effektivare-cellfabriker.aspxhttps://www.chalmers.se/sv/institutioner/bio/nyheter/Sidor/Unga-gener-kan-vara-nyckeln-till-effektivare-cellfabriker.aspxUnga gener kan vara nyckeln till effektivare cellfabriker<p><b>​Cellfabriker används för industriell produktion av olika biomolekyler. För kostnadseffektiva processer krävs att man utvecklar robusta organismer med hög effektivitet. Forskare vid Chalmers har upptäckt att nyckeln till framtidens cellfabriker kan vara de evolutionärt sett unga gener som uttrycks i jästceller vid stress. ​</b></p><p class="chalmersElement-P">​<span>Cellfabriker, till exempel olika jästarter, kan användas industriellt för att producera bioetanol, läkemedel eller kemikalier. De växer snabbt i billiga substrat och kan modifieras genetiskt för speciella ändamål. Därför är cellfabriker kostnadseffektiva jämfört med andra processer. Men produktionen kräver robusta mikroorganismer med hög överlevnadsgrad och hög produktionshastighet. </span></p> <div><h2 class="chalmersElement-H2">Stressmekanismer möjliggör organimernas anpassning</h2> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div><span style="background-color:initial"></span></div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <p class="chalmersElement-P">För att fungera optimalt behöver cellfabrikerna tåla de förhållanden som den industriella produktionen innebär, till exempel variation i temperatur och bildandet av toxiska biprodukter. </p> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <p class="chalmersElement-P"> </p> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <p class="chalmersElement-P"> </p> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <p class="chalmersElement-P"> </p> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <p class="chalmersElement-P">− De mekanismer som har utvecklats som svar på stress gör det möjligt för organismerna att anpassa sig till nya ekologiska nischer. Men vissa av dessa stressförhållanden kan också finnas vid industriella processer, till exempel höga salthalter eller lågt pH i tillväxtmedierna och/eller förhöjda processtemperaturer, säger Iván Domenzain Del Castillo Cerecer, doktorand på institutionen för biologi och bioteknik på Chalmers, och en av författarna till studien.</p> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <h2 class="chalmersElement-H2">Tre jästarters genuttryck har analyserats​</h2> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <p class="chalmersElement-P">Genom att skaffa kunskap om mikroorganismernas stresstolerans på molekylär nivå får forskarna de verktyg som krävs för att designa nya stammar med egenskaper som behövs för industriell användning. Därför har forskargruppen från institutionen för biologi och bioteknik analyserat genuttryck hos tre jästarter: <em>Saccharomyces cerevisiae</em>, den klassiska arbetshästen för industriell etanolproduktion; <em>Kluyveromyces marxianus</em>, känd för sin förmåga att växa snabbt även vid höga temperaturer; och <em>Yarrowia lipolytica</em>, vars förmåga att ackumulera lipider gör den intressant för produktion av biobränslen. </p> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <p class="chalmersElement-P">Organismerna utsattes för en mängd olika stressfaktorer för att identifiera allmänna mekanismer, eller trender på systemnivå, för stressreaktioner hos de tre arterna.</p> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <p class="chalmersElement-P"> </p> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <p class="chalmersElement-P"> </p> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <p class="chalmersElement-P"> </p> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <p class="chalmersElement-P"> </p> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <p class="chalmersElement-P"> </p> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <p class="chalmersElement-P"> </p> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <p class="chalmersElement-P"> </p> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <p class="chalmersElement-P">− Vår studie visar att de mest relevanta mekanismerna bakom stresstolerans drivs av gener som är evolutionärt sett unga − med okända molekylära funktioner, säger Tyler Doughty, före detta postdoc på institutionen för biologi och bioteknik. </p> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <h2 class="chalmersElement-H2">&quot;Gener som uttrycks vid stress ofta unga gener&quot;​</h2> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <p class="chalmersElement-P"><span>Jästcellerna odlades i bioreaktorer med samma experimentella uppställning för alla de tre arterna, avseende flödeshastighet, glukoskoncentration och syresättning. Samtliga arter exponerades för tre olika stressfaktorer: ökad temperatur i odlingsmediet, ökad saltkoncentration och sänkt pH. Nivåerna för genuttryck under stressförhållanden jämfördes med nivåer vid referensförhållanden. </span></p> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <p class="chalmersElement-P"> </p> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <p class="chalmersElement-P"> </p> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <p class="chalmersElement-P"> </p> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <p class="chalmersElement-P"> </p> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <p class="chalmersElement-P"> </p> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <p class="chalmersElement-P"> </p> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <p class="chalmersElement-P"> </p> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <p class="chalmersElement-P"> </p> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <p class="chalmersElement-P"> </p> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <p class="chalmersElement-P"> </p> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <p class="chalmersElement-P"> </p> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <p class="chalmersElement-P"> </p> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <p class="chalmersElement-P"> </p> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <p class="chalmersElement-P"> </p> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <p class="chalmersElement-P"> </p> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <p class="chalmersElement-P">− Genom att jämföra individuella gensekvenser kunde vi undersöka hur konserverade generna är i de tre jästarterna, och i ett dussintal andra svamparter. Detta gjorde det möjligt för oss att klassificera gener efter närvaro i genomet hos gemensamma förfäder eller som ”unga gener”, det vill säga som utvecklats specifikt i var och en av våra jästarter. Överraskande nog var de gener som uttrycktes vid stress oftare del av gruppen ”unga gener”, snarare än evolutionärt konserverade. Resultaten kan tolkas som att dessa jästarter har utvecklat sina egna molekylära mekanismer för att klara sig i nya ekologiska nischer, säger Iván Domenzain Del Castillo Cerecer.</p> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <h2 class="chalmersElement-H2">&quot;Ny inriktning när man vill förbättra stresstolerans&quot;​</h2> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <p class="chalmersElement-P">− Denna studie föreslår en ny inriktning när man vill förbättra stresstoleransen hos cellfabriker: manipulation av evolutionärt unga gener. Våra resultat visar att de generna är mindre och inte lika studerade som andra gener. De är dessutom mindre troliga att vara essentiella, det vill säga gener vars radering resulterar i celldöd, säger Tyler Doughty. </p> <div> </div> <p class="chalmersElement-P"> </p> <div> </div> <p class="chalmersElement-P"> </p> <div> </div> <p class="chalmersElement-P"> </p> <div> </div> <p class="chalmersElement-P"> </p> <div> </div> <p class="chalmersElement-P"> </p> <div> </div> <p class="chalmersElement-P"> </p> <div> </div> <p class="chalmersElement-P"> </p> <div> </div> <p class="chalmersElement-P"> </p> <div> </div> <p class="chalmersElement-P"> </p> <div> </div> <p class="chalmersElement-P"> </p> <div> </div> <p class="chalmersElement-P"> </p> <div> </div> <p class="chalmersElement-P"> </p> <div> </div> <p class="chalmersElement-P"> </p> <div> </div> <p class="chalmersElement-P"> </p> <div> </div> <p class="chalmersElement-P"> </p> <div> </div> <p class="chalmersElement-P"> </p> <div> </div> <p class="chalmersElement-P"> </p> <div> </div> <p class="chalmersElement-P"> </p> <div> </div> <p class="chalmersElement-P"> </p> <div> </div> <p class="chalmersElement-P"> </p> <div> </div> <p class="chalmersElement-P"> </p> <div> </div> <p class="chalmersElement-P"> </p> <div> </div> <p class="chalmersElement-P"> </p> <div> </div> <p class="chalmersElement-P"> </p> <div> </div> <p class="chalmersElement-P"> </p> <div> </div> <p class="chalmersElement-P"> </p> <div> </div> <p class="chalmersElement-P"> </p> <div> </div> <p class="chalmersElement-P"> </p> <div> </div> <p class="chalmersElement-P"> </p> <div> </div> <p class="chalmersElement-P"> </p> <div> </div> <p class="chalmersElement-P"> </p> <div> </div> <p class="chalmersElement-P">Att studera olika organismers tolerans mot flera stressfaktorer − snarare än att fokusera på experimentella inställningar och specifika svar hos enskilda organismer −​ möjliggör förståelsen av allmänna evolutionära mekanismer. Manipulation av dessa kan vara fördelaktigt för ett bredare spektrum av industriella bioteknologiska processer.</p> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <p class="chalmersElement-P"><strong>Text:</strong> Susanne Nilsson Lindh</p> <p class="chalmersElement-P"> </p> <p class="chalmersElement-P"> </p> <p class="chalmersElement-P"> </p> <p class="chalmersElement-P"> </p> <p class="chalmersElement-P"> </p> <p class="chalmersElement-P"> </p> <p class="chalmersElement-P"> </p> <p class="chalmersElement-P"> </p> <p class="chalmersElement-P"> </p> <p class="chalmersElement-P"> </p> <p class="chalmersElement-P"> </p> <p class="chalmersElement-P"> </p> <p class="chalmersElement-P"> </p> <p class="chalmersElement-P"> </p> <p class="chalmersElement-P"> </p> <p class="chalmersElement-P"> </p> <p class="chalmersElement-P"> </p> <p class="chalmersElement-P"> </p> <p class="chalmersElement-P"> </p> <p class="chalmersElement-P"> </p> <p class="chalmersElement-P"> </p> <p class="chalmersElement-P"> </p> <p class="chalmersElement-P"> </p> <p class="chalmersElement-P"> </p> <p class="chalmersElement-P"> </p> <p class="chalmersElement-P"> </p> <p class="chalmersElement-P"> </p> <p class="chalmersElement-P"> </p> <p class="chalmersElement-P"> </p> <p class="chalmersElement-P"> </p> <p class="chalmersElement-P"> </p> <p class="chalmersElement-P"> </p> <p class="chalmersElement-P"> </p> <p class="chalmersElement-P"> </p> <p class="chalmersElement-P"> </p> <p class="chalmersElement-P"> </p> <p class="chalmersElement-P"> </p> <p class="chalmersElement-P"> </p> <p class="chalmersElement-P"> </p> <p class="chalmersElement-P"> </p> <p class="chalmersElement-P"> </p> <p class="chalmersElement-P"> </p> <p class="chalmersElement-P"> </p> <p class="chalmersElement-P"> </p> <p class="chalmersElement-P"> </p> <p class="chalmersElement-P"> </p> <p class="chalmersElement-P"> </p> <p class="chalmersElement-P"> </p> <p class="chalmersElement-P"> </p> <p class="chalmersElement-P"> </p> <p class="chalmersElement-P"> </p> <p class="chalmersElement-P"> </p> <p class="chalmersElement-P"> </p> <p class="chalmersElement-P"> </p> <p class="chalmersElement-P"> </p> <p class="chalmersElement-P"> </p> <p class="chalmersElement-P"> </p> <p class="chalmersElement-P"> </p> <p class="chalmersElement-P"> </p> <p class="chalmersElement-P"> </p> <p class="chalmersElement-P"> </p> <p class="chalmersElement-P"> </p> <p class="chalmersElement-P"> </p> <p class="chalmersElement-P"><strong>Foto: </strong>Privat</p> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div><br /></div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div><strong>Läs artikeln i <em>Nature Communications</em>: </strong></div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div> </div> <div dir="ltr" style="text-align:left"><div><a href="https://www.livsmedelsverket.se/matvanor-halsa--miljo/kostrad-och-matvanor/all-fisk-ar-inte-nyttig" style="outline:0px"><img class="ms-asset-icon ms-rtePosition-4" src="/_layouts/images/icgen.gif" alt="" /></a><a href="https://www.nature.com/articles/s41467-020-16073-3">Stress-induced expression is enriched for evolutionarily young genes in diverse budding yeasts​​</a></div></div></div>Thu, 11 Jun 2020 03:00:00 +0200https://www.chalmers.se/sv/institutioner/math/nyheter/Sidor/Matematikmodeller-for-cancerbehandling.aspxhttps://www.chalmers.se/sv/institutioner/math/nyheter/Sidor/Matematikmodeller-for-cancerbehandling.aspxMatematikmodeller för cancerbehandling<p><b>​Matematiska modeller är av stort intresse för läkarvetenskapen. Tim Cardilins avhandling handlar om modeller för att få ett bättre resultat av kombinationsterapier för cancerpatienter.</b></p><p><img class="chalmersPosition-FloatRight" src="/SiteCollectionImages/Institutioner/MV/Profilbilder/timcardilin.jpg" alt="" style="margin:5px" />Tim är anställd vid FCC, Fraunhofer-Chalmers Research Centre for Industrial Mathematics, och disputerar vid Matematiska vetenskaper som så kallad industridoktorand. Projektet han arbetat i är ett samarbete med det tyska läkemedelsbolaget Merck med huvudkontor i Darmstadt. Det finns ett stort intresse inom branschen för matematiska modeller av flera anledningar, kostnadsmässiga som att spara tid och pengar, men även etiska för att minska antalet djurförsök. Man vill göra prediktioner för olika scenarier: vad händer om man använder en högre eller lägre dos av ett läkemedel? Vad händer om man kombinerar vissa läkemedel?</p> <p>Just detta projekt handlar om kombinationer av terapier inom onkologi, det vill säga cancerbehandling. Det utgår från frågor som vad det finns det för matematiska modeller inom området idag och hur man kan förbättra eller utvidga dem, och hur de matematiska modellerna används, vilka prediktioner som görs och vilka man bör göra. Variabilitet mellan individer är också ett tema. Eftersom det handlar om biologiska processer finns det en stor spridning i hur olika individer svarar på samma behandling. </p> <h2>Tumour Static Exposure, ett viktigt prediktionsverktyg</h2> <p><img class="chalmersPosition-FloatLeft" alt="Tumour Static Exposure" src="/SiteCollectionImages/Institutioner/MV/Nyheter/TSE250x250.jpg" style="margin:5px" />Avhandlingen behandlar till stor del tidsseriedata för tumörvolymer där Tim lagt till strålningsbehandling, både i sig och tillsammans med andra läkemedel, till den klass av matematiska modeller som typiskt används inom branschen. Han har också arbetat med Tumour Static Exposure (TSE) som är ett modellbaserat prediktionsverktyg för att förstå vilka doser och vilken koncentration av ett eller flera läkemedel som man måste ha för att få en tumör att minska. För ett läkemedel blir TSE en gräns där tumörtillväxten bromsas men inte går tillbaka när man ligger under, medan tumören krymper när man ligger över. När man kombinerar två eller flera läkemedel blir motsvarigheten en TSE-kurva eller yta som man vill att kombinationsbehandlingen ska hålla sig över för att tumören ska krympa. </p> <p>Tim menar att detta är ett viktigt prediktionsverktyg, som även kan användas för att rangordna och optimera behandlingar, och som ännu inte fått tillräckligt stort genomslag. Genomgående har också variabiliteten mellan individer beaktats, där så kallade mixed effect-modeller använts då de är mest sofistikerade modeller som finns idag. Dessa har tillämpats bland annat inom TSE så att resultatet inte bara ska stämma för en medianindivid utan för en stor del, till exempel 95%, av patienterna.</p> <h2>Ett projekt för en bred matematiker</h2> <p>Tim började läsa fysik efter gymnasiet med en tanke om att fortsätta som sjukhusfysiker, men kom inte så långt innan han hoppade av. Istället började han på Matematikprogrammet på Göteborgs universitet och höll på med partiella differentialekvationer och finita element-metoder. Mot slutet av utbildningen fick han frågan av FCC om han var intresserad av att jobba i projektet som satts samman av en professor på SLU (Sveriges lantbruksuniversitet). Tim blev osäker då han trodde att det behövdes mycket biologi och statistik, men han förstod snart att vad man sökte var en bred matematiker och att det andra var sådant man snabbt kunde lära sig. Från början var det ett licentiatprojekt men Merck var intresserade av en fortsättning och så blev det.</p> <p>– Jag har haft en bra doktorandtid som varit utvecklande på alla sätt. Det har varit en utmaning att det är många olika viljor om var fokus ska ligga, från Merck, FCC och MV. I ett tvärvetenskapligt projekt som detta måste man också kunna kommunicera med icke-matematiker, men modeller går ganska lätt att visa som figurer istället för formler.</p> <p>Tim kommer att fortsätta arbeta med biomatematiktillämpningar på FCC. Mercks projekt fortsätter också, med en ny doktorand som började i september, så Tim kommer att följa det och stötta när så behövs.</p> <br /><em>Tim Cardilin disputerar i tillämpad matematik och matematisk statistik med avhandlingen ”Modelling of combination therapy to support drug discovery in oncology”, torsdag den 4 juni kl 13.15 via Zoom. Handledare är Torbjörn Lundh, biträdande handledare Mats Jirstrand. <a href="/sv/institutioner/math/kalendarium/Sidor/Disputation200604.aspx">Läs avhandlingen och delta i disputationen</a></em><br /><br /><strong>Text</strong>: Setta Aspström<br /><strong>Foto</strong>: privat<br /><strong>Bild</strong>: Tim Cardilin. Exempel på Tumor Static Exposure (TSE) prediktion (blå kurvan) för två läkemedel med koncentrationer CA och CB. Kombinationer av läkemedlen som ligger under TSE-kurvan (röda området) leder till att tumören växer, medan kombinationer som ligger över TSE-kurvan (gröna området) leder till att tumören krymper.Thu, 28 May 2020 17:40:00 +0200https://www.chalmers.se/sv/styrkeomraden/energi/nyheter/Sidor/Alvvattnet-kan-kyla-fler-byggnader-om-temperaturdifferensen-okar.aspxhttps://www.chalmers.se/sv/styrkeomraden/energi/nyheter/Sidor/Alvvattnet-kan-kyla-fler-byggnader-om-temperaturdifferensen-okar.aspxÄlvvattnet kan kyla fler byggnader om temperaturdifferensen ökar<p><b>​I Sverige kopplar man oftast inte kyla till komfort. Men för att få en sval och behaglig inomhustemperatur i shoppingcenter, på skolor, kontor och sjukhus behöver vi fjärrkyla, en energieffektiv och miljövänlig teknik.– Min forskning handlar om att undersöka hur olika fastigheter använder fjärrkyla. Vad de har för temperaturbehov i förhållande till vad fjärrkyla levererar, säger Maria Jangsten, doktorand i installationsteknik vid Arkitektur och samhällsbyggnadsteknik på Chalmers.</b></p><div><span style="font-size:14px"><b>Idag används 18 procent </b>av den globala elförbrukningen i fastigheter till att kyla ner temperaturen inomhus. Med dagens utveckling beräknas andelen öka till 30 procent år 2050. Kylbehovet globalt kommer framförallt från tillväxtekonomier som idag har stora kylbehov men inte ekonomi att investera i luftkonditionering och kylmaskiner. <br /><br /></span></div> <div><span style="font-size:14px">Sverige ligger långt framme när det gäller tekniken med fjärrkyla​. Men i varma länder i exempelvis Sydeuropa är fjärrkyla ovanligt. Där använder man oftare luftkonditionering och kylare. Men fler apparater på byggnader innebär buller och dessutom ökade värmeföroreningar som bidrar till uppvärmningen av stadsmiljön. <br /><br /></span></div> <div><span style="font-size:14px"><b><img src="/sv/styrkeomraden/energi/nyheter/PublishingImages/MJangsten_photo-(002).jpg" alt="Maria Jangsten" class="chalmersPosition-FloatRight" style="margin:5px" />– En mer energieffektiv</b>, ekonomisk och miljövänlig lösning är fjärrkylning tillsammans med en samlad central produktionsenhet som skickar tillbaka det uppvärmda vattnet. Men det finns en problematik med fjärrkylning och den är främst kopplad till temperaturskillnaderna på tillopp- och returvattnet, berättar Maria Jangsten.</span></div> <div><span style="font-size:14px"><br /><b>Den 23 april presenterade </b>hon sin licentiatuppsats ”<a href="https://research.chalmers.se/publication/516197">Gothenburg District Cooling System - An evaluation of the system performance based on operational data​</a>” online.</span></div> <div><span style="font-size:14px">– Det positiva med att presentationen hölls online nu i coronatider var att så otroligt många kunde delta, som kollegor och vänner ute i Europa. Forskning ska ju vara transparent och tillgänglig. Så det här blev väldigt bra, säger Maria Jangsten. </span></div> <div><span style="font-size:14px"><br /></span></div> <div><span style="background-color:initial;font-size:14px">Forskningsprojektet, som utförs i samverkan med Göteborg energi, har som mål att utveckla det befintliga systemet för fjärrkyla i Göteborg. </span><span style="font-size:14px">På avdelningen för Installationsteknik har de under många år samarbetat med Göteborg energi kring fjärr- och solvärme. Men i framtiden är det efterfrågan på komfort och därmed kylbehovet av byggnader som kommer att öka. <br /><br /></span></div> <div><span style="font-size:14px"><b>För att fjärrkyla </b>ska vara ekonomiskt möjligt behövs en naturlig källa med kallt vatten, frikyla, till energisystemet.</span></div> <div><span style="font-size:14px">– I Göteborg bidrar Göta älv med frikyla. Den är viktig för fjärrkylan och används på olika sätt under året. På vintern, n</span><span style="background-color:initial">är älven är fem grader eller lägre, kan man använda vattnet rakt av för att kyla ner fjärrkylasystemet. </span><span style="background-color:initial;font-size:14px">När älven är för varm för direkt frikyla används vattnet till att kyla kylmaskinerna. </span></div> <div><span style="background-color:initial"></span><span style="background-color:initial">När vattnet skickas tillbaka till älven ska det vara 16 grader. Men problemet är att det oftast inte värmts upp tillräckligt. Nyckeln är att få en högre temperatur på returvattnet i fjärrkylasystemet, säger Maria Jangsten.</span></div> <div><span style="font-size:14px"><br /><b>Det Maria främst undersökt</b> är skillnaden mellan framledningstemperaturen som ska vara sex grader, och returledningen som ska vara 16. Men oftast är skillnaden mindre. </span></div> <div><span style="font-size:14px"><span></span>– Många kunder använder generellt en högre framledningstemperatur än den rekommenderade, vilket är positivt. Samtidigt så använder många fastigheter för mycket fjärrkylavatten utan att plocka ut tillräcklig kyleffekt, vilket är ett slöseri och leder till små temperaturdifferenser, säger Maria Jangsten.</span><br /></div> <div><span style="background-color:initial">Konsekvensen, om man vill utvidga systemet, blir att fjärrkylan inte räcker till alla. Om man istället kunde dra isär temperaturdifferensen så att skillnaden på tillopp- och returvattnet blir tio grader, behöver man inte pumpa så mycket vatten i systemet och då räcker fjärrkylan till för fler kunder.</span><span style="background-color:initial">​</span><br /></div> <span style="font-size:14px"><span style="background-color:initial"><br /><b>FAKTA: Fjärrkyla, så funkar det i Göteborg</b></span></span><div><span style="font-size:14px">I Göteborg lånar vi vatten från Göta älv. Via Rosenlundsverket pumpas det kalla fjärrkylavattnet ut i fjärrkylanätet via rör under marken till de fastigheter som är ihopkopplade med systemet.</span></div> <div><span style="font-size:14px">Väl framme i fastigheten kyler det vattnet i husets kylsystem med hjälp av en värmeväxlare i källaren. I den möts två flöden. Husets kylsystem kyler sedan luften så att det blir svalt och skönt. Värmen ifrån fastighetens system överförs sedan till det kalla fjärrkylevattnet, så att det värms upp och återförs till Göta älv.<br /></span><br />Text: Ann-Christine Nordin<br /><br /><span style="font-size:14px"></span><div><span style="font-size:14px"><b>RELATERAT </b></span></div> <div><span style="font-size:14px"><a href="https://www.youtube.com/watch?v=R1QiXq0PWM8&amp;feature=youtu.be"><img class="ms-asset-icon ms-rtePosition-4" src="/_layouts/images/icgen.gif" alt="" />Se Maria Jangstens presentation på YouTube</a></span></div> <div><span style="font-size:14px"><a href="https://www.goteborgenergi.se/om-oss/vad-vi-gor/forskning-utveckling/samarbete-med-chalmers"><img class="ms-asset-icon ms-rtePosition-4" src="/_layouts/images/icgen.gif" alt="" />Projektet ingår i ett samarbete mellan Chalmers och Göteborg Energi</a></span></div> <div><span style="font-size:14px"><a href="/sv/personal/Sidor/Maria-Jangsten.aspx"><img class="ms-asset-icon ms-rtePosition-4" src="/_layouts/images/ichtm.gif" alt="" />Mer om Maria Jangsten</a></span></div></div> ​Tue, 28 Apr 2020 17:00:00 +0200https://www.chalmers.se/sv/institutioner/math/nyheter/Sidor/Statistiska-verktyg-for-att-konstruera-optimala-material.aspxhttps://www.chalmers.se/sv/institutioner/math/nyheter/Sidor/Statistiska-verktyg-for-att-konstruera-optimala-material.aspxStatistiska verktyg för att konstruera optimala material<p><b>​Sandra Eriksson Barmans forskning tillämpar metoder från matematik inom materialvetenskap, för att öka kunskaperna i hur man bäst designar material med skräddarsydda masstransportegenskaper.</b></p><p>​<img class="chalmersPosition-FloatRight" alt="Sandra Eriksson Barman" src="/SiteCollectionImages/Institutioner/MV/Nyheter/sandraerikssonbarman200x.png" style="margin:5px" />Sandras doktorandanställning har legat inom projektet Materialstrukturer sedda genom mikroskop och statistik, finansierat av SSF (Stiftelsen för Strategisk Forskning). Projektet föddes i sin tur ur Chalmers centrum SuMo Biomaterials som har många externa partners, till exempel AstraZeneca, Essity och Tetra Pak. De tillverkar alla produkter där materialens mikrostruktur styr transporten genom materialen.</p> <p>Sandra har använt sig av program för molekylär transport och data som tagits fram inom SuMo, tillsammans med ny data som tagits fram inom SSF-projektet. Datan är mikroskopidata från AstraZeneca från material som används som ytstruktur på läkemedelspellets. När ytan kommer i kontakt med vatten bildar det en porös struktur som avgör hur snabbt läkemedlet frisätts i kroppen.</p> <p>Den första delen av avhandlingen handlar om att ta fram en 3D-stokastisk modell som passar till materialet. Utmaningen ligger i att mikroskopibilderna är relativt stora och att modellen ska kunna passas till bilderna. Sandra har sedan använt både denna 3D-modell och andra, enklare modeller för att hitta vilka egenskaper hos de porösa materialen som är viktigast för frisättningen, och simulerat transport genom materialen.</p> <p>– Vissa saker visste vi redan, och testade då själva metoderna som redan finns för att beskriva egenskaper. Men vi har också tagit fram nya modeller för konnektivitet i material, hittat flaskhalsar, och identifierat vilka egenskaper som är viktiga för transporten.</p> <h2>MIST, simuleringsprogram för att mäta egenskaper</h2> <p><img class="chalmersPosition-FloatRight" alt="Illustration av programmet MIST" src="/SiteCollectionImages/Institutioner/MV/Nyheter/Mist_Illustr350x.png" style="margin:5px" />Alla de framtagna metoderna är implementerade i ett program kallat MIST (MIcroSTructure – A program package for visualization and characterization of 3D geometries) som ska bli allmänt tillgängligt. Hittills är det skickat till en del av SuMos partners men det är tänkt att vem som helst ska kunna nå det och använda det. Man har arbetat mycket med visualisering, eftersom konnektivitetsegenskaper är svåra att se enbart i en 3D-struktur. </p> <p>Det är fler som arbetar inom projektet, som en doktorand på Fysik som arbetat med att ta fram mikroskopidata och som disputerar i juni, men i och med disputationerna och publiceringen av MIST är detta projekt egentligen avslutat. Programmet hinner vidareutvecklas ytterligare något till september, då Sandras anställning är slut. Samarbetena kring materialvetenskap, som ju är ett av Chalmers styrkeområden, fortsätter med många andra perspektiv.</p> <p>Sandra tog några års paus mellan gymnasium och universitet, testade att ta en matematikkurs och läste därefter Matematikprogrammet på Göteborgs universitet. Hon sökte några olika doktorandtjänster på institutionen och licentiattjänster på Fraunhofer och valde den här. Hon har trivts mycket bra med projektet, både med matematiken som hon beskriver som rolig, och med det nära samarbetet med industrin.</p> <p>– Det är spännande med responsen från de som kan tänkas använda sig av forskningen, och det är också roligt att det varit så många involverade med olika infallsvinklar.</p> <p><em>Sandra Eriksson Barman disputerar i tillämpad matematik och matematisk statistik med avhandlingen ”The pore geometry of pharmaceutical coatings: statistical modelling, characterisation methods and transport prediction”, tisdag den 24 april kl 13.00 i sal Pascal, Hörsalsvägen 1. Handledare är Holger Rootzén.</em><br /><br /><strong>Text</strong>: Setta Aspström<br /><strong>Foto</strong>: privat<br /><strong>Bild</strong>: Illustration av hur man kan använda MIST för att undersöka konnektivitet. Visualisering av porerna (uppe till vänster) och porernas geodesiska avstånd till det gröna rätblocket (nere till höger), där porer som ligger nära rätblocket visas i blått och porer som ligger längre bort visas som mindre solida i rött.</p>Tue, 14 Apr 2020 10:25:00 +0200https://www.chalmers.se/sv/institutioner/math/nyheter/Sidor/Nya-antibiotikaresistensgener-identifierade.aspxhttps://www.chalmers.se/sv/institutioner/math/nyheter/Sidor/Nya-antibiotikaresistensgener-identifierade.aspxNya antibiotikaresistensgener identifierade<p><b>​Antibiotikaresistenta bakterier är ett ökande problem över hela världen. I sin doktorsavhandling forskar Fanny Berglund om nya former av antibiotikaresistensgener med syfte att kartlägga dem och undersöka deras evolutionära ursprung.</b></p><p>​<img width="300" height="200" class="chalmersPosition-FloatRight" alt="Sekvenser av resistensgener" src="/SiteCollectionImages/Institutioner/MV/Nyheter/alignments300x200.png" style="margin:5px" />Bakterier kan bli resistenta genom förändringar i sitt arvsanlag, ofta genom så kallade resistensgener. Inom vården upptäcks många antibiotikaresistenta bakterier som bär på resistensgener vilket gör dem svårbehandlade. Det är idag oklart varifrån resistensgenerna kommer, men man tror att de har sitt ursprung i miljöer där antibiotikaresistens är naturligt förekommande. Människan använder och släpper ut mycket antibiotika i sin omgivning, och det kan då bli fördelaktigt för sjukdomsalstrande bakterier att förvärva och behålla antibiotikaresistensgener. Fanny undersöker med hjälp av beräkningsintensiva probabilistiska metoder stora mängder av DNA-sekvenser från bakterier från olika miljöer, till exempel bakterier från förorenade floder eller från djur- och människomagar, för att hitta helt nya varianter av resistensgener.</p> <p>– Datamängderna har verkligen exploderat bara under min doktorandtid. Mycket av dem är öppna för alla, men vi får även data via våra samarbeten med till exempel professor Joakim Larssons grupp på Sahlgrenska akademin. Datamängderna är oftast fragmenterade, stora och brusiga, så mycket handlar om att effektivt få fram korrekt information inom en rimlig tid.</p> <h2>Tusentals nya antibiotikaresistenta gener predikterade</h2> <p>En av artiklarna i avhandlingen handlar om en ny metodik för att hitta nya antibiotikaresistensgener. Den kallas fARGene och är allmänt tillgänglig, och sedan den publicerades i en artikel för ett halvår sedan så har den laddats ner och använts flera gånger av forskare runt om i världen. Men den största delen av arbetet består i att Fanny har använt sin metodik för att prediktera tusentals nya antibiotikaresistensgener. Resultaten som beskrivs i avhandlingen visar att resistensgener har en mycket stor diversitet, både i hur de ser ut och hur de fungerar. Fanny har även kunnat identifiera samband mellan vissa former av resistensgener och specifika bakteriegrupper, såväl som med vissa miljöer. Detta ger ytterligare information om genernas ursprung.</p> <p>Total har 54 nya resistensgener testats experimentellt på Sahlgrenska. Genom att återskapa generna syntetiskt kan de sättas in i en E. coli-bakterie, vilken blir resistent mot antibiotika om genen fungerar. Totalt visade 37 av generna resistens men det går inte att utesluta att de övriga fungerar i andra former av bakterier. Det är särskilt en grupp av gener, metallo-beta-laktamaser, där antalet kända och identifierade gener i och med Fannys arbete fördubblats. Dessa gener är extra farliga då de kan bryta ner många former av antibiotika, inklusive vissa bredspektrumantibiotika, vilket gör bakterier som bär på dessa gener extra svårbehandlade. Fannys resultat visar att det finns en stor mängd av dessa och andra former av oupptäckta resistensgener som kan utgöra en utmaning för sjukvården i framtiden.</p> <h2>Bioinformatik är väldigt mycket programmering</h2> <p><img width="250" height="300" class="chalmersPosition-FloatLeft" alt="Fanny Berglund" src="/SiteCollectionImages/Institutioner/MV/Nyheter/fannyberglund250x300.jpg" style="margin:5px" />Fanny läste teknisk fysik på Chalmers. Hon har alltid varit intresserad av att modellera biologi och av att programmera, i kandidatarbetet modellerade hon HIV-virus och i mastersarbetet simulerade hon plankton i turbulenta flöden. Så, medan hon höll på med mastersarbetet kom en annons ut för doktorandtjänsten som hon sökte. Hon vet inte riktigt vad hon förväntade sig men är väldigt nöjd med sin doktorandtid, och konstaterar att hon kom till en bra forskargrupp där många håller på med liknande saker vilket är inspirerande, liksom samarbetet med Sahlgrenska akademin.</p> <p>– Efter disputationen hoppas jag kunna fortsätta med bioinformatik på en postdoc-tjänst, det händer så mycket inom det här området och det finns så mycket att göra, det är ju ännu förhållandevis nytt. Jag hoppas då också kunna fortsätta föreläsa, jag har haft kursansvar för en statistikkurs inom bioteknik i två år och det är så kul att se när studenterna lär sig och det är tacksamt med den direkta responsen.<br /><br /><em>Fanny Berglund disputerar i biovetenskap med avhandlingen &quot;New antibiotic resistance genes and their diversity&quot;, tisdag den 3 september kl 9.15 i sal Euler, Skeppsgränd 3. Handledare är Erik Kristiansson.</em><br /><br /><strong>Text och foto</strong>: Setta Aspström<br /><strong>Bild</strong>: Fanny Berglund. Sekvenser (i en alignment) för tidigare kända resistensgener av en viss typ (metallo-beta-laktamaser). Med hjälp av detta skapar Fanny sina modeller. Man kan se att visa positioner är bevarade för alla gener medan andra varierar.</p>Thu, 29 Aug 2019 09:00:00 +0200https://www.chalmers.se/sv/institutioner/math/nyheter/Sidor/Genmutationer-vid-cancer.aspxhttps://www.chalmers.se/sv/institutioner/math/nyheter/Sidor/Genmutationer-vid-cancer.aspxGenmutationer vid cancer<p><b>​I sin doktorsavhandling beskriver Anna Rehammar hur hon använder statistiska metoder och modeller för att hitta genmutationer relaterade till cancer, i de enorma datamängder som genereras från det mänskliga genomet.</b></p><p>​<img class="chalmersPosition-FloatRight" alt="Anna Rehammar" src="/SiteCollectionImages/Institutioner/MV/Nyheter/annarehammar250x300.jpg" style="margin:5px" />För varje patient handlar det om data från miljontals positioner i människans DNA, det så kallade genomet. Datan är ofta fragmenterad och innehåller mycket brus, det vill säga fel. Då är det viktigt att reducera brusnivåerna för att kunna hitta de riktiga mutationerna. Här är avancerade statistiska metoder nödvändiga. När Anna har fått fram så tillförlitlig information som möjligt så tolkas den tillsammans med läkare och biologer för att fastställa vad det konkret innebär för den aktuella patienten.</p> <p>Artiklarna i Annas avhandling handlar om tre olika cancerformer. En av dem kallas feokromocytom/paragangliom som bland annat kan ge tumörer i binjuremärgen. Det är en hormonproducerande tumör, som kan ge symtom som hjärtklappning och svettningar. Efter operation blir omkring 90% av patienterna friska, medan de övriga 10% på sikt utvecklar metastaser. Anna har undersökt mutationer som kan leda till sjukdomen och letat efter nya markörer för att skilja mellan godartade och aggressiva tumörer. Med hjälp av sådana markörer kan högriskpatienter följas upp noggrannare och de som troligen inte kommer att få framtida problem kan få mer exakta prognoser. Anna har använt bioinformatiska och statistiska metoder och utvecklat ett dataflöde som möjliggör en så exakt analys osm möjligt av datan. Genom detta har tre nya gener hittats som potentiellt har betydelse för cancerutveckling. För en av generna har man gått vidare med ytterligare studier som visar att de mutationer som hittades ger egenskaper som ökar spridning av cancer.</p> <h2>Ny metod för att mäta kvarvarande cancerceller</h2> <p>En annan cancerform är akut myeloid leukemi, som är den vanligaste formen av leukemi. Cancern sitter då i de blodbildande cellerna i benmärgen och behandlingen går ut på att slå ut dem så totalt som möjligt. Den nuvarande metoden för att mäta eventuella kvarvarande cancerceller, vilket innebär att behandlingen måste fortsätta, fungerar inte på alla patienter. Det är därför viktigt att hitta alternativa metoder som är mer individanpassade och kan utnyttja de mutationer som cancern har hos den enskilda patienten. Den nya metod som Anna har utvecklat har visats vara känsligare än den rådande tekniken. Detta möjliggör en mer precis diagnostik av leukemi samt att uppföljningsproverna potentiellt kan tas direkt från blod istället för benmärg så att patienterna, som ofta barn, slipper sövas.</p> <p>I avhandlingen analyseras även mängderna av mikro-RNA i cancerceller, i detta fall tunntarmscarcinoider. Det finns ungefär tusen olika mikro-RNA och de är en viktig del i processen som bestämmer hur mycket av olika protein som ska bildas. Tumörerna i denna cancerform växer långsamt och man märker vanligtvis dem inte förrän de har skapat metastaser, och då är prognosen för överlevnad generellt sett dålig. Anna har genom explorativ dataanalys försökt att hitta grupper av patienter med olika överlevnad, vilket resulterat i en ny biomarkör – mikro-RNAt miR-375. Hon har visat att de patienter där MiR-375 är aktiv har en längre livslängd, vilket öppnar upp för bättre diagnostik och eventuellt även nya läkemedel.</p> <h2>Kom tillbaka efter gymnasielärartjänst</h2> <p>I gymnasiet tyckte Anna det var spännande med kemi och biologi, men också roligt med matematik. Hon läste matematik och kemi på högskolan i Sundsvall och flyttade sedan till Göteborg där hon studerade på bioteknikprogrammet. Efter ett sabbatsår då hon arbetade på AstraZeneca valde Anna att inrikta studierna mot biostatistik. När hon gjorde sin masteruppsats om statistiska metoder för att utvärdera mutationer och andra faktorer hos strokepatienter blev hon uppmuntrad att doktorera, men hade då redan börjat komplettera med pedagogikstudier för att bli gymnasielärare i kemi och matematik. Efter ett antal år som gymnasielärare sökte sig Anna dock tillbaka till akademin.</p> <p>– Jag är väldigt glad för åren här på Matematiska vetenskaper. Jag har hela tiden jobbat i samarbetsprojekt med forskare på Sahlgrenska akademin. Det har varit stimulerande eftersom vår forskning då ligger nära de medicinska tillämpningar där vi kan göra en konkret skillnad. </p> <p>Anna kommer nu att börja arbeta på enheten Hälsometri på Sahlgrenska Akademin. Utöver fortsatt forskning inom biostatistik med medicinska tillämpningar kommer hon även bland annat att undervisa blivande läkare och medicinardoktorander om statistisk metodik. Hon har trivts med att undervisa under doktorandåren och tycker att hon haft nytta av sin lärarutbildning och erfarenhet från gymnasieskolan, som gett henne en bredare bild av vad studenterna har med sig.</p> <p>– Min styrka är att jag med min bakgrund kan kommunicera väl med läkare och biologer och förstå det medicinska sammanhanget, samtidigt som jag har statistiska kunskaper som de saknar. Många gånger kan man inte skilja brus från relevant information om man inte använder sig av statistiska modeller.</p> <p><em>Anna Rehammar disputerar med avhandlingen ”Statistical assessment of genomic variability in tumours and bacterial communities” tisdag den 18 juni kl 9.15 i sal Pascal, Hörsalsvägen 1. Handledare är Erik Kristiansson.</em><br /><br /><strong>Text och foto</strong>: Setta Aspström</p>Fri, 14 Jun 2019 12:25:00 +0200https://www.chalmers.se/sv/institutioner/math/nyheter/Sidor/Simulering-av-papperstillverkning.aspxhttps://www.chalmers.se/sv/institutioner/math/nyheter/Sidor/Simulering-av-papperstillverkning.aspxSimulering av papperstillverkning<p><b>​Gustav Kettils doktorandarbete går ut på att utveckla papperstillverkning med datorsimulering istället för vanliga experiment. Det sparar både tid och resurser för papperstillverkarna, och kan hjälpa till att ta fram nya pappersmaterial.</b></p><p>​<img class="chalmersPosition-FloatRight" alt="Papperssimulering" src="/SiteCollectionImages/Institutioner/MV/Nyheter/PaperSimulation200x.png" style="margin:5px" />Papper är en viktig produkt för Sverige och det är också ett avancerat material, uppbyggt av fibrer som är ganska små och dessutom slumpmässigt sammanfogade. Gustav har därför utvecklat matematiska metoder som kan hantera dessa svårigheter, och koncentrerat sig på två steg i processen: hur pappret formas, och hur man undersöker papprets egenskaper. Dessa hänger ihop, eftersom papprets egenskaper påverkas av hur fibrerna lägger sig.</p> <p>Gustav är anställd på FCC (Fraunhofer Chalmers Research Centre for Industrial Mathematics) och antagen till forskarutbildning vid Matematiska vetenskaper. FCC startade pappersprojektet redan 2009 i samarbete med företagen Stora Enso och Albany International, men det har skalats upp de sista tre åren med mål att få fram en fungerande programvara. </p> <h2>Ny metod redan i bruk</h2> <p>Det största bidraget till pappersindustrin är en ny metod för att beräkna hur kemiska krafter löser upp interaktionerna mellan fibrerna. Dessa är mycket finskaliga och verkar på några få nanometer, och med vanliga metoder tar beräkningarna alldeles för lång tid. Den nya metoden används redan idag, i nuläget gör FCC simuleringarna och ger resultaten till pappersföretagen, men om ungefär ett år är det tänkt att programvaran ska finnas ute på företagen så deras utvecklingsingenjörer kan använda den.</p> <p>Den andra delen av Gustavs avhandling simulerar pappers egenskaper och använder en metod som utvecklats av hans handledare Axel Målqvist. Den kallas LOD (Localised Ortonogal Decomposition) och används vanligen för partiella differentialekvationer, men har nu gjorts om för att tillämpas på diskreta nätverksmodeller. I just det här fallet handlar det alltså om fibernätverk, men metoden kan användas på alla nätverksmodeller, som trafikmodeller, värmeflöden eller flöden i porösa medier.</p> <p><img class="chalmersPosition-FloatLeft" alt="Gustav Kettil" src="/SiteCollectionImages/Institutioner/MV/Nyheter/gustavkettil250x300.jpg" style="margin:5px" />– Det här är väldigt nytt och det ska bli spännande att se vart det tar vägen! Det finns en viss press i att leverera när man jobbar för industrin, det är inte precis som inom akademin då även ett negativt resultat är ett resultat. Men jag gillar ju det teoretiska också, så det har varit roligt att få arbeta med LOD-metoden.</p> <h2>Fortsätter forskningen</h2> <p>Gustav hamnade på FCC när han läste mastersprogrammet Engineering Mathematics och fick detta projekt som examensarbete, sedan gick han vidare med licentiatprogrammet AEM (Advanced Engineering in Mathematics) och därefter alltså hela vägen till disputation, vilket innebär att han sysslat med papperssimulering sedan 2013. Han kommer att fortsätta på FCC framöver så det blir ingen större skillnad, utom att tidspressen inte blir lika stor. </p> <p>– Doktorandåren har varit roliga. Jag kommer nog att sakna undervisningen – jag har undervisat på Maskin och följt dem under flera år, mot slutet var jag huvudföreläsare i Flervariabelanalys. Men det känns som om jag lärt mig hur man ska forska och nu kan jag verkligen sätta igång, ända från grundutbildningen har det handlat om hur man löser ett problem, inte att lära sig saker utantill. </p> <p><em>Gustav Kettil disputerar med avhandlingen ”Multiscale methods for simulation of paper making” måndag den 3 juni kl 13.15 i sal Euler, Skeppsgränd 3. Handledare är Axel Målqvist, MV, och Andreas Mark, FCC.</em><br /><br /><strong>Text och foto</strong>: Setta Aspström<br /><strong>Bild</strong>: Gustav Kettil. Papper formeras när fibrer (mörkgrå) flödar ner på en vävd vira (ljusgrå) som ger stöd åt arket samtidigt som vätska kan passera.</p>Mon, 27 May 2019 11:25:00 +0200https://www.chalmers.se/sv/institutioner/tme/nyheter/Sidor/Kulturen-som-bromsar-jamstalldhet-i-ingenjorsutbildningen.aspxhttps://www.chalmers.se/sv/institutioner/tme/nyheter/Sidor/Kulturen-som-bromsar-jamstalldhet-i-ingenjorsutbildningen.aspxKulturen som bromsar jämställdhet i ingenjörsutbildningen<p><b>​ Varför går det så trögt med jämställdheten på tekniska högskolor? Malin Nordvall granskar ojämställdhetens orsaker i ingenjörskåren, och konstaterar att bristen på självkritik och en tro på snabba lösningar präglar den kultur som gör att många kvinnor väljer bort ingenjörsutbildningar.</b></p><div>​Många kortlivade satsningar – med knapert resultat. Så ser det ut med jämställdhetsarbetet på tekniska högskolor i Sverige. Malin Nordvall, doktorand i teknikhistoria på Chalmers, har ägnat de senaste åren åt att granska frågan. Nu håller hon licentiatnivåseminarium med titeln: ”Reforming a Resistant Profession: Gender Equality Work at Swedish Technical Universities, 1970-2010”.</div> <div> </div> <div>I sin forskning blickar hon drygt 40 år bakåt i tiden, och undersöker motiven hos de aktörer som har varit involverade i jämställdhetssatsningar på tekniska högskolor och inom ingenjörskåren från 1970 till 2010. Hon har också studerat den respons som initiativen har mött av fakultet, studenter, industrin och ingenjörsorganisationer. </div> <div> </div> <div><strong>Vilka utmaningar fokuserar du på i din forskning?</strong></div> <div>Jag undersöker den stora mängden kortlivade satsningar för jämställdhet som har initierats inom den mansdominerade ingenjörskåren sedan 1970. Specifikt tittar jag på satsningar på tekniska högskolor. Varför så många projekt? Och hur ska vi förstå det begränsade resultatet, när vi ser till antalet kvinnor och män på tekniska högskolor? Särskilt eftersom flertalet professioner i Sverige har sett en annan utveckling sedan 1970-talet. </div> <div> </div> <div><strong>Hur försöker du bidra till att lösa detta?</strong></div> <div>I min forskning studerar jag motiv hos aktörer som engagerat sig i jämställdhetsarbete, och särskilt det motstånd som initiativen  har mött. Ett av målen med forskningen är att bidra till att utvidga den historiska kunskapen om ingenjörskåren under efterkrigstiden. Jag vill också ge ett historiskt inspel – som jag anser är nödvändigt – till den diskussion kring jämställdhet som är högst aktuell idag på tekniska högskolor och inom ingenjörsorganisationer.</div> <div> </div> <div><strong>Vad hoppas du att dina forskningsresultat ska leda till?</strong></div> <div>Jag vill öppna upp för nya perspektiv i det inomvetenskapliga teknikhistoriska samtalet där ingenjörsprofessionens genusdimensioner har fått ökat intresse under det senaste decenniet. Jag hoppas också kunna fördjupa samtalet inom den svenska ingenjörskåren om ojämställdhetens orsaker. Genom min forskning hoppas jag kunna bidra till ett perspektivskifte, bort från den “bristfälliga”, “ointresserade” kvinnan som ofta har fått stå i centrum för olika typer av satsningar, för att istället rikta blicken mot en professionell ingenjörskultur präglad av homosociala maskulina värderingar. Exempel på denna kultur är oförmågan till självkritik, att kontinuerligt placera problemet någon annanstans än inom den egna verksamheten, och tilltron till snabba lösningar. </div> <div><br /></div> <div>

Denna kultur, anser jag, har lett till att en stor del av befolkningen, där kvinnor är en överrepresenterad grupp men inte på något vis den enda, har valt bort och fortsätter att välja bort ingenjörsutbildningar. </div> <div> </div> <div><strong><br /></strong></div> <div><strong>Textsammanställning:</strong> Ulrika Ernström</div> <div> </div> <h3 class="chalmersElement-H3">FAKTA: Granskar kortsiktigheten i jämställdhetsarbetet
</h3> <div>Malin Nordvall är doktorand i teknikhistoria på Chalmers institution för teknikens ekonomi och organisation, vid avdelningen Science, Technology and Society. Hon intresserar sig för det stora antal projekt för att öka andelen kvinnor inom civilingenjörskåren som har initierats av aktörer inom kåren sedan 1970-talet. I sin forskning utforskar hon sambandet mellan civilingenjörsprofessionens historiskt formade maskulina värderingar och jämställdhetsarbetets fragmentering och kortsiktighet.</div> <div> </div> <div>Malin Nordvalls licentiatnivåseminarium heter: Reforming a Resistant Profession: Gender Equality Work at Swedish Technical Universities, 1970-2010. <br /></div> <a href="https://research.chalmers.se/person/kb01nmal" target="_blank"> <div><br /></div> <div>Läs mer om Malin Nordvall</div></a>Mon, 13 May 2019 09:00:00 +0200https://www.chalmers.se/sv/institutioner/math/nyheter/Sidor/Matematik-renodlad-problemlosning.aspxhttps://www.chalmers.se/sv/institutioner/math/nyheter/Sidor/Matematik-renodlad-problemlosning.aspxMatematik – renodlad problemlösning<p><b>​Malin Palö Forsström disputerar i matematisk statistik med en avhandling som bland annat handlar om exklusionskänslighet, volatilitet och färgrepresentationer.</b></p><p>​<img class="chalmersPosition-FloatRight" alt="Malin Palö" src="/SiteCollectionImages/Institutioner/MV/Nyheter/malinpalo.jpg" style="margin:5px" />Avhandlingens fyra olika artiklar ligger alla inom området diskret sannolikhetsteori. De två första artiklarna använder sig av en liknande metod. Funktioner på hyperkuber kan ha olika egenskaper, och en av dem är exklusionskänslighet. Om man tänker sig att man har en sekvens med ettor och nollor och denna sekvens utsätts för brus, till exempel när man skickar information från en dator, så kan konsekvensen bli att ettor och nollor byter plats med varandra. Man kan sätta upp olika regler för hur de byter plats – hur som helst, eller bara med grannar till exempel – och i den första artikeln har Malin undersökt olika regler och vilka som stört vissa egenskaper hos den ursprungliga sekvensen mest. Vissa regler gör funktioner mer känsliga än andra, men vilken regel som helst är bättre än ingen regel alls. </p> <p>I den andra artikeln kunde mycket av teorin återanvändas för att studera mixningstider för så kallade färgade exklusionsprocesser. Om i snitt ett byte sker per tidsenhet kan man fråga sig efter hur lång tid nästan all information om den ursprungliga sekvensen är förlorad. Man kan jämföra med en kortlek, hur många gånger ska den blandas innan informationen (om ordningen på korten) går förlorad? </p> <p>– Detta är ren grundforskning utan några tänkta tillämpningar. Det är metoderna som är intressanta, förhoppningsvis kan de sedan användas på likartade frågor om den ”riktiga” världen.</p> <h4>Volatila funktioner</h4> <p>Den tredje artikeln tar upp ett nytt begrepp i området, volatilitet, och upprinnelsen är en artikel som Malins handledare Jeffrey Steif var med och skrev. Malin exemplifierar den nya definitionen med att man kanske planerar en picknickdag på stranden. Då vill man veta om det kommer att regna någon gång under dagen, snarare än exakt när det kommer att regna. I artikeln sågs flera nya problem, och Malin har försökt förstå och besvara dem liksom vilka funktioner som är volatila och hur lätt eller svårt det är att ändra på egenskapen. <img class="chalmersPosition-FloatLeft" alt="Sannolikhetsfunktion till en två-dimensionell stabil fördelning" src="/SiteCollectionImages/Institutioner/MV/Nyheter/Palo300x200.jpg" style="margin:5px" />Den sista artikeln handlar om så kallade färgrepresentationer, där Malin undersökte en viss familj av sannolikhetsmått.</p> <p>– Jag har alltid tyckt att matematik är roligt och på högstadiet läste jag gymnasiematte bara för att det var kul. En dag kom en doktorand på besök i skolan – jag tror att han var pappa till någon i parallellklassen – och berättade att man kunde doktorera. Efter det var jag säker på att jag ville doktorera och stannade aldrig upp och funderade på något annat, men nu är jag ju väldigt nöjd.</p> <h4>Problemlösning det centrala</h4> <p>Malin läste Matematikprogrammet och masterprogrammet i matematik på Göteborgs universitet, och sedan sökte hon i likhet med de flesta hon umgicks med en doktorandplats. Hennes anställning går ut först i september och fram till dess ska hon fortsätta med olika forskningsprojekt, ta en kurs hon skulle vilja gå men som inte är obligatorisk, och ta ut sina semesterdagar. Och också fundera på vad hon vill göra i framtiden – industri eller akademi. Men vad är det då som är så roligt med matematik?</p> <p>– För mig är det problemlösningen, att få klura på problem. Det finns naturligtvis problemlösning inom alla möjliga fält, men matematik är väldigt renodlad problemlösning. Matematiken är också lite speciell för man kan ha så mycket av den i huvudet. När jag löst något blir jag först osäker, kan det här verkligen stämma, och sedan blir jag besviken – nu är det ju löst! </p> <p><em>Malin Palö Forsström disputerar i matematisk statistik med avhandlingen Noise sensitivity and FK-representations for Gaussian and stable processes, fredag den 5 april kl 10.15 i sal Pascal, Hörsalsvägen 1.</em><br /><br /><strong>Text och foto</strong>: Setta Aspström<br /><strong>Bild</strong>: Malin Palö Forsström. Sannolikhetsfunktionen till en två-dimensionell stabil fördelning, relevant i avhandlingens fjärde artikel</p>Fri, 29 Mar 2019 09:20:00 +0100