Genmutationer vid cancer

​I sin doktorsavhandling beskriver Anna Rehammar hur hon använder statistiska metoder och modeller för att hitta genmutationer relaterade till cancer, i de enorma datamängder som genereras från det mänskliga genomet.

Anna RehammarFör varje patient handlar det om data från miljontals positioner i människans DNA, det så kallade genomet. Datan är ofta fragmenterad och innehåller mycket brus, det vill säga fel. Då är det viktigt att reducera brusnivåerna för att kunna hitta de riktiga mutationerna. Här är avancerade statistiska metoder nödvändiga. När Anna har fått fram så tillförlitlig information som möjligt så tolkas den tillsammans med läkare och biologer för att fastställa vad det konkret innebär för den aktuella patienten.

Artiklarna i Annas avhandling handlar om tre olika cancerformer. En av dem kallas feokromocytom/paragangliom som bland annat kan ge tumörer i binjuremärgen. Det är en hormonproducerande tumör, som kan ge symtom som hjärtklappning och svettningar. Efter operation blir omkring 90% av patienterna friska, medan de övriga 10% på sikt utvecklar metastaser. Anna har undersökt mutationer som kan leda till sjukdomen och letat efter nya markörer för att skilja mellan godartade och aggressiva tumörer. Med hjälp av sådana markörer kan högriskpatienter följas upp noggrannare och de som troligen inte kommer att få framtida problem kan få mer exakta prognoser. Anna har använt bioinformatiska och statistiska metoder och utvecklat ett dataflöde som möjliggör en så exakt analys osm möjligt av datan. Genom detta har tre nya gener hittats som potentiellt har betydelse för cancerutveckling. För en av generna har man gått vidare med ytterligare studier som visar att de mutationer som hittades ger egenskaper som ökar spridning av cancer.

Ny metod för att mäta kvarvarande cancerceller

En annan cancerform är akut myeloid leukemi, som är den vanligaste formen av leukemi. Cancern sitter då i de blodbildande cellerna i benmärgen och behandlingen går ut på att slå ut dem så totalt som möjligt. Den nuvarande metoden för att mäta eventuella kvarvarande cancerceller, vilket innebär att behandlingen måste fortsätta, fungerar inte på alla patienter. Det är därför viktigt att hitta alternativa metoder som är mer individanpassade och kan utnyttja de mutationer som cancern har hos den enskilda patienten. Den nya metod som Anna har utvecklat har visats vara känsligare än den rådande tekniken. Detta möjliggör en mer precis diagnostik av leukemi samt att uppföljningsproverna potentiellt kan tas direkt från blod istället för benmärg så att patienterna, som ofta barn, slipper sövas.

I avhandlingen analyseras även mängderna av mikro-RNA i cancerceller, i detta fall tunntarmscarcinoider. Det finns ungefär tusen olika mikro-RNA och de är en viktig del i processen som bestämmer hur mycket av olika protein som ska bildas. Tumörerna i denna cancerform växer långsamt och man märker vanligtvis dem inte förrän de har skapat metastaser, och då är prognosen för överlevnad generellt sett dållig. Anna har genom explorativ dataanalys försökt att hitta grupper av patienter med olika överlevnad, vilket resulterat i en ny biomarkör – mikro-RNAt miR-375. Hon har visat att de patienter där MiR-375 är aktiv har en längre livslängd, vilket öppnar upp för bättre diagnostik och eventuellt även nya läkemedel.

Kom tillbaka efter gymnasielärartjänst

I gymnasiet tyckte Anna det var spännande med kemi och biologi, men också roligt med matematik. Hon läste matematik och kemi på högskolan i Sundsvall och flyttade sedan till Göteborg där hon studerade på bioteknikprogrammet. Efter ett sabbatsår då hon arbetade på AstraZeneca valde Anna att inrikta studierna mot biostatistik. När hon gjorde sin masteruppsats om statistiska metoder för att utvärdera mutationer och andra faktorer hos strokepatienter blev hon uppmuntrad att doktorera, men hade då redan börjat komplettera med pedagogikstudier för att bli gymnasielärare i kemi och matematik. Efter ett antal år som gymnasielärare sökte sig Anna dock tillbaka till akademin.

– Jag är väldigt glad för åren här på Matematiska vetenskaper. Jag har hela tiden jobbat i samarbetsprojekt med forskare på Sahlgrenska akademin. Det har varit stimulerande eftersom vår forskning då ligger nära de medicinska tillämpningar där vi kan göra en konkret skillnad.

Anna kommer nu att börja arbeta på enheten Hälsometri på Sahlgrenska Akademin. Utöver fortsatt forskning inom biostatistik med medicinska tillämpningar kommer hon även bland annat att undervisa blivande läkare och medicinardoktorander om statistisk metodik. Hon har trivts med att undervisa under doktorandåren och tycker att hon haft nytta av sin lärarutbildning och erfarenhet från gymnasieskolan, som gett henne en bredare bild av vad studenterna har med sig.

– Min styrka är att jag med min bakgrund kan kommunicera väl med läkare och biologer och förstå det medicinska sammanhanget, samtidigt som jag har statistiska kunskaper som de saknar. Många gånger kan man inte skilja brus från relevant information om man inte använder sig av statistiska modeller.

Anna Rehammar disputerar med avhandlingen ”Statistical assessment of genomic variability in tumours and bacterial communities” tisdag den 18 juni kl 9.15 i sal Pascal, Hörsalsvägen 1. Handledare är Erik Kristiansson.

Text och foto: Setta Aspström


Sidansvarig Publicerad: ti 20 apr 2021.