MC2 har ett institutionsråd och en ledningsgrupp. Institutionsrådet beslutar i frågor av strategisk karaktär, medan ledningsgruppen beslutar i verksamhetsfrågor.
Institutionen har 200 anställda och är indelad i åtta avdelningar, av vilka sjuär forskningsavdelningar och en är ett renrum, Nanotekniklaboratoriet.