Kursplan för Beräkningsbiologi 2

Tillräckliga kunskaper i matematik (analys i en reell variabel, linjär algebra), grundläggande kunskaper i programmering.

Syftet med kursen är att ge en introduktion till beräkningsbiologi på molekylär och cellbiologisk nivå. Studenterna introduceras till centrala begrepp i molekylär och cellbiologi. Metoder för lagring, sökning, prediktion och analys av information från molekylär-biologiska experiment studeras. Modeller av molekylär evolution (den sk coalescent) beskrivs och tillämpas på problem i den mänskliga evolutionen, och analys av molekylära bakterier. Fysikaliska modeller av struktur och funktion hos biologiska makromolekyler (till exempel proteinveckning och RNA-struktur) introduceras. Beräkningsbiologi på makroskopisk nivå behandlas i Beräkningsbiologi 1 (FFR 110).

definiera nyckel-vokabulär inom molekylär och cellbiologi 

förstå och förklara mekanismer och drivkrafter inom evolution 

förklara betydelsen av coalescent processen som en evolutionär modell och som ett sätt att tolka empirin 

effektivt genomföra coalescent processen på en dator (med mutationer, rekombination, selektiva svep) 

identifiera de viktigaste öppna problem i tolkningen molekylärbiologiska data 

förstå och förklara styrkor och svagheter i vedertagna strukturella modeller för biologiska makromolekyler 

skriva välstrukturerade tekniska rapporter på engelska 

presentera och förklara analytiska beräkningar och numeriska resultat 

kommunicera resultat och slutsatser på ett tydligt och logiskt sätt

Biokemi för makromolekyler 

Kort genomgång av molekylärbiologi 

Genetisk ordlista 

slumpmässig genetisk drift och coalescent processen 

Fysikaliska kartor över DNA 

Det mänskliga genomet 

Fysikaliska modeller för strukturen hos biologiska makromolekyler

Föreläsningar, hemuppgifter, övningsklasser.

Föreläsningsanteckningar kommer att göras tillgängliga.

Rekommenderat ytterligare material:

W. J. Ewens, Mathematical population genetics, Springer (1979)

E. S. Lander and M. S. Waterman, eds., Calculating the secrets of life, National Academic Press, Washington (1995). An on-line version of this book is available.

A. Okubo, Diffusion and ecological problems: mathematical models, Springer (1980)

J. D. Murray, Mathematical Biology, Springer (1989)

M. S. Waterman, Introduction to Bioinformatics, Chapman and Hall (1995

M. T. Madigan, J. M. Martinko and J. Parker, Biology of microorganisms, Prentice Hall (2000)

samt forskningsartiklar.

Examinationen baseras på övningar och hemuppgifter (100%).