I början av varje år sätter Chalmers ihop en laguppsättning till tävlingen iGEM. Där tävlar studenter från hela världen med projekt inom syntetisk biologi. Under tävlingen ska studenterna utforma och utföra ett tvärvetenskapligt forskningsprojekt. Men att delta i iGEM innebär också att få tillgång till en arena där man möter relevanta aktörer inom bioteknik − samtidigt som man får kurspoäng.
I den internationella tävlingen iGEM arbetar studenter i tvärvetenskapliga team för att utforma och testa en vetenskaplig tes kring ett verkligt problem inom området syntetisk biologi. Projektet redovisas via en webbplats och under ett tre dagar långt event på hösten. Då ses alla tävlande lag för att presentera sitt arbete, lyssna på föreläsningar, mingla med de andra lagen och träffa bioteknologiföretag som ställer ut på eventet.
− Förutom att jag fick omsätta mina teoretiska kunskaper i praktiken, och verkligen prova på hur det är att arbeta med mer långsiktigt laborativt arbete, gav iGEM också större insyn i vad det finns för marknad för min kompetens när det gäller bioteknikföretag. Sponsorerna som ställde ut på iGEM var verkligen intresserade av oss, och det fick mig att se de möjligheter som kan finnas efter studierna, säger Emil Löfgren, sistaårsstudent på bioteknikprogrammet, som deltog i Chalmers iGEM-lag 2022.
Snabb upptäckt av snäckfeber i fokus
Chalmerslaget 2022 började sin resa tillsammans i början av året, då man började sin planering för projektet. Rent praktiskt utförs projektet som en laborativ kurs under tio sommarveckor i avdelningen för systembiologis lokaler.
Studenterna bestämde sig för ett projekt inom diagnostik, där fokus låg på att utveckla ett snabbt sätt att detektera sjukdomen snäckfeber. Snäckfeber orsakas av en parasit, maskar av släktet Schistosoma, vars larver kan invadera hud och slemhinnor. Över 200 miljoner människor över hela världen beräknas vara infekterade. När de vuxna maskarna utvecklas lägger de ägg som sprids till olika organ genom blodet. Infektion av parasiten ger först lindriga symptom, men när de fullt utvecklade maskarna lägger ägg i vävnader i kroppen kan de påverka organens funktion och orsaka stor skada. Diagnos sker genom antikroppanalys, men måste kompletteras med analys av avföring eller urin.
− Dessa analyser kan göras först när maskarna varit i kroppen en längre stund och kräver personal och specialiserad utrustning. Vi ville komma fram till en metod där man kan hitta parasiterna snabbt och enkelt – och kom fram till att vi ville utgå från det fritt flytande DNA som man har konstaterat finns i smittade personers blod, saliv och avföring, som påträffas redan efter ett fåtal dagars infektion, säger Emil Löfgren.
Nominerade för bästa mjukvara
Laget arbetade kring två lösningar för snabb detektion av parasit-DNA: En som baserades på jästceller och en cellfri diagnosmetod. I båda varianterna får man en färgsignal av ett tudelat protein som ”fångar in” specifika sekvenser från parasiternas DNA, och när proteinet slås samman skickar det en färgsignal som kan ses med blotta ögat – utan mikroskop.
− Under projektet utvecklade vi en modell för att förutspå hur sannolikt det är att två proteiner interagerar om de är bundna med linkersekvenser till fasta punkter. Modellen kan ge förståelse till hur man bör designa sina proteiner om man vill att de ska ha mer eller mindre aktivitet mellan varandra, säger Emil Löfgren.
Den modellen ledde till att Chalmerslaget 2022 nominerades inom kategorin ”bästa mjukvara”, där fyra av tävlingens cirka 350 lag valdes ut.
− Det är vi oerhört stolta över, även om vi inte vann till slut, med tanke på det stora urvalet, säger Emil Löfgren.
Varierat arbete som gynnas av bred kompetens
Kursen som iGEM-deltagarna söker är en masterskurs, men den är öppen för alla årskurser och lagen brukar bestå av studenter från både Chalmers och Göteborgs universitet.
Emil Löfgren beskriver arbetet som tidvis ansträngande – men givande, roligt och varierande, med många olika arbetsuppgifter för lagmedlemmarna. Dessutom ingår ett visst inslag av sälj – då studenterna också måste ragga sponsorer för att kunna finansiera sitt deltagande.
− Jag skulle verkligen rekommendera personer från många olika masterprogram, inte bara bioteknik, att delta. Om man verkligen har tvärvetenskaplig kompetens ger det hela projektet mervärde – och en större chans att lyckas. Att vi nominerades för bästa mjukvara beror väldigt mycket på att vi hade en lagmedlem från Data science and AI med i laget som samarbeta med två av våra studenter med biobakgrund för att utveckla modellen – bredden gör väldigt stor skillnad för projektens relevans, säger Emil Löfgren.
Mer om iGEM
Kontakt kursansvarig
- Forskningsprofessor, Systembiologi, Life Sciences