Kursplan för Systembiologi

En godkänd student förväntas kunna:

• Beskriva systembiologins principer.

• Beskriva cellulära nyckelfunktioner så som transkription, translation, signalering och proteinutsöndring.

• Använda matrisnotering för att beskriva stokeometrin i metabola nätverk

• Beskriva hur metabola nätverk kan rekonstitueras med hjälp av biokemisk och genomisk information

• Beskriva hur genomvida metabola modeller (GEMs) kan användas för att analysera cellulär fysiologi

• Beskriva begränsningarna för celltillväxt och hur biologiska och fysiska villkor kan appliceras för att modellera den.

• Beskriva hur GEMs används inom forskning som berör mänskliga sjukdomar

• Beskriv hur "meta-omics" data kan analyseras.

• Beskriva principerna bakom RNAseq

• Beskriva principerna bakom proteomics

• Beskriva principerna bakom metabolomics

• Ge 5 exempel på hur GEMs används inom modern biologi

Kursen beskriver hur systembiologi påverkar medicin, bioteknologi och livsmedelsvetenskap. Kärnan i systembiologi är kvantitativ analys av cellulära funktioner. I kursen kommer alla cellulära processer att diskuteras på ett kvantitativt sätt. Kursen kommer att ge insikter angående hur metabola nätverk kan rekonstrueras från biologisk ochgenomisk information. Topologisk analys av genomvida metabola modeller (GEM) kommer att utföras och grundläggande principer inom metabola nätvärk kommer att diskuteras och analyseras. Kursen kommer även att ge a kort introduktion till olika metoder för hur man genererar så kallad omics-data, t.ex. data relaterat till transkriptom, proteom och metabolom, samt hur man analyserar dessa. Slutligen så kommer kursen att presentera, med hjälp av kvantitativ data, vad som driver på och vad som begränsar cellers tillväxt. Genom hela kursen kommer vi att ge exempel på vetenskapliga studier av jäst, inom livsmedelsvetenskap samt inom medicin.

Forskningsartiklar och annat relevant material kommer att tillhandahållas i digital form, tillsammans med presentationer och övningar. Dessa material kommer att göras tillgängligt på studentportalen ping pong http://pingpong.chalmers.se.