Kursplan för Beräkningsmetoder inom bioinformatik

Kursplan fastställd 2020-02-20 av programansvarig (eller motsvarande).

Kursöversikt

  • Engelskt namnComputational methods in bioinformatics
  • KurskodTDA507
  • Omfattning7,5 Högskolepoäng
  • ÄgareMPDSC
  • UtbildningsnivåAvancerad nivå
  • HuvudområdeBioteknik, Datateknik, Informationsteknik
  • InstitutionDATA- OCH INFORMATIONSTEKNIK
  • BetygsskalaTH - Mycket väl godkänd (5), Väl godkänd (4), Godkänd (3), Underkänd

Kurstillfälle 1

  • Undervisningsspråk Engelska
  • Anmälningskod 87114
  • Blockschema
  • Sökbar för utbytesstudenterJa

Poängfördelning

0113 Inlämningsuppgift 7,5 hp
Betygsskala: TH
7,5 hp

    I program

    Examinator

    Gå till kurshemsidan (Öppnas i ny flik)

    Behörighet

    Grundläggande behörighet för avancerad nivå
    Sökande med en programregistrering på ett program där kursen ingår i programplanen undantas från ovan krav.

    Särskild behörighet

    Engelska 6
    Sökande med en programregistrering på ett program där kursen ingår i programplanen undantas från ovan krav.

    Kursspecifika förkunskaper

    För tillträde till kursen krävs 90 godkända högskolepoäng inom ämnet Datavetenskap eller motsvarande. Det krävs också en programmeringskurs och en kurs i diskret matematik.

    Syfte

    Som datavetare måste man kunna identifiera och förstå problem med ursprung i områden som inte är att betrakta som direkt datortekniska eller datavetenskapliga. I denna kurs visas hur beräkningsmetoder som traditionellt presenteras i datavetenskapliga kurser även kan appliceras inom bioinformatiken. I kursen behandlas därför också sådana begrepp, inom biologin, som krävs för att förstå de uppkomna problemställningarna.
    Vi behandlar problem som uppkommer i samband med analys av biologiska datasekvenser (sekventiell bioinformatik) och makromolekylära strukturer (strukturell bioinformatik). Att läsa vetenskapliga artiklar är värdefull utbildning för alla vetenskapsmän och forskare. Att utveckla sin förmåga i att läsa vetenskapliga artiklar är nyttig förberedelse för framtida vetenskapliga undersökningar, och det egna vetenskapliga skrivande kan samtidigt förbättras. I denna kurs används därför forskningsartiklar som viktigaste referensmaterial, framför allt för att visa hur man presenterar idéer och metoder, och hur man kritiskt värdera dem.

    Lärandemål (efter fullgjord kurs ska studenten kunna)

    Kunskap och förståelse
    • beskriva och sammanfatta problem som har tagits upp i bioinformatiklitteraturen,
      och beräkningsmetoder för att lösa dem
    Färdighet och förmåga
    • utforma och implementera beräkningsproblemlösningar inom bioinformatik
    Värderingsförmåga och förhållningssätt
    • kritiskt diskutera olika bioinformatikmetoder som adresserar samma uppgift eller relaterade uppgifter och diskutera skillnader i de uppdragen uppgifterna eller
      skillnader i beräkningsmetoderna
    • identifiera situationer där samma beräkningsmetoder tillämpas när man tar itu med olika problem, även inom olika tillämpningsområden

    Innehåll

    Beräkningsmetoder och begrepp som presenteras i kursen är: dynamisk programmering, heuristiska algoritmer, grafpartitionering, image skeletonisation, utjämning och kantdetektering, klustring, undermatrismatchning, geometrisk hashning, constraint logic programming, Monte Carlo-optimering, simulated annealing, självundvikande vandring.
    Bland de problem som hämtats från biologin är: sekvensinpass, domäntilldelning, jämförelse av strukturer, jämförande modellering, proteinveckning, fold recognition, upptäcka kanaler, molekyldockning, proteindesign.

    Organisation

    Föreläsningar och programmeringsövningar.

    Litteratur

    Föreläsningsmaterial; webbaserade resurser, utvalda vetenskapliga artiklar.

    Examination inklusive obligatoriska moment

    Kursen examineras genom individuella inlämningsuppgifter inom programmering och skriftliga inlämningsuppgifter.
    Betygsskalen är 3, 4, 5 och Underkänt (U).
    Lägsta godkända betyg innebär att studenten uppfyllt kursmålen genom att prestera tillfredsställande på inlämningsuppgifterna. Högre betyg kräver att studenten därutöver visar på djupare förståelse, insikt, och reflektion.
    För att bli godkänt på kursen krävs att alla inlämningsuppgifter är godkända. För att få ett högre betyg än godkänt för hela kursen krävs ett högre viktat genomsnitt av betygen från inlämnigsuppgifterna.