Fredrik Westerlund

Bitr. professor; Biologi och Bioteknik
Avdelningschef för Kemisk Biologi

fredrik.westerlund@chalmers.se +46317723049 Hitta till mig http://orcid.org/0000-0002-4767-4868

Fredrik Westerlunds forskargrupp studerar enstaka DNA-molekyler in nanokanaler med hjälp av fluorescensmikroskopi. Fokus ligger både på att utveckla nya metoder för att kartlägga DNA sekvenser så väl som att studera DNA-proteininteraktioner.

Westerlunds Forskningsgrupp

Publikationer - ResearcherID

Undervisning
Publikationer
Samverkan och projekt

Biofysikalisk kemi (KFK021), Föreläsare

Senaste publikationer

2020
Stabilization of G-quadruplex DNA structures in Schizosaccharomyces pombe causes single-strand DNA lesions and impedes DNA replication

Författare: Ikenna Obi; Matilda Rentoft; Vandana Singh; Jan Jamroskovic; Karam Chand; E. Chorell; Fredrik Westerlund; Nasim Sabouri

Publiceringsår: 2020

Publicerat i: Nucleic Acids Research

Publikationstyp: Artikel i vetenskaplig tidskrift
Optical maps of plasmids as a proxy for clonal spread of MDR bacteria: A case study of an outbreak in a rural Ethiopian hospital

Författare: Yii Lih Lin; Tsegaye Sewunet; Sriram Kesarimangalam; Christian G. Giske; Fredrik Westerlund

Publiceringsår: 2020

Publicerat i: Journal of Antimicrobial Chemotherapy

Publikationstyp: Artikel i vetenskaplig tidskrift
Real-time compaction of nanoconfined DNA by an intrinsically disordered macromolecular counterion

Författare: Rajhans Sharma; Sriram Kk; Erik D. Holmstrom; Fredrik Westerlund

Publiceringsår: 2020

Publicerat i: Biochemical and Biophysical Research Communications

Publikationstyp: Artikel i vetenskaplig tidskrift
Phosphorylated CtIP bridges DNA to promote annealing of broken ends

Författare: Robin Öz; Sean Howard; Rajhans Sharma; Hanna Törnkvist; Ilaria Ceppi; Sriram Kesarimangalam; Erik Kristiansson; Petr Cejka; Fredrik Westerlund

Publiceringsår: 2020

Publicerat i: Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America

Publikationstyp: Artikel i vetenskaplig tidskrift
Quantifying DNA damage induced by ionizing radiation and hyperthermia using single DNA molecule imaging

Författare: Vandana Singh; Pegah Johansson; Dmitry Torchinsky; Yii Lih Lin; Robin Öz; Y. Ebenstein; Ola Hammarsten; Fredrik Westerlund

Publiceringsår: 2020

Publicerat i: Translational Oncology

Publikationstyp: Artikel i vetenskaplig tidskrift
Molecular Epidemiology of OXA-48 and NDM-1 Producing Enterobacterales Species at a University Hospital in Tehran, Iran, Between 2015 and 2016

Författare: Hamid Solgi; Shoeib Nematzadeh; Christian G. Giske; Farzad Badmasti; Fredrik Westerlund; Yii Lih Lin; Gaurav Goyal; Vajihe Sadat Nikbin; Amir Hesam Nemati; Fereshteh Shahcheraghi

Publiceringsår: 2020

Publicerat i: Frontiers in Microbiology

Publikationstyp: Artikel i vetenskaplig tidskrift
Cultivation-Free Typing of Bacteria Using Optical DNA Mapping

Författare: Vilhelm Müller; My Nyblom; Anna Johnning; Marie Wrande; Albertas Dvirnas; Sriram Kesarimangalam; Christian G. Giske; Tobias Ambjörnsson; L. Sandegren; Erik Kristiansson; Fredrik Westerlund

Publiceringsår: 2020

Publicerat i: ACS Infectious Diseases

Publikationstyp: Artikel i vetenskaplig tidskrift
Lipid vesicle composition influences the incorporation and fluorescence properties of the lipophilic sulphonated carbocyanine dye SP-DiO

Författare: Quentin Lubart; Jonas Hannestad; Hudson Pace; Daniel Fjällborg; Fredrik Westerlund; Elin Esbjörner Winters; Marta Bally

Publiceringsår: 2020

Publicerat i: Physical Chemistry Chemical Physics

Publikationstyp: Artikel i vetenskaplig tidskrift
A Nanofluidic Device for Multiplexed Analysis of Single Exosomes

Författare: Quentin Lubart; Sune Levin; Stephan Block; Silver Jõemetsa; Sriram Kesarimangalam; Fredrik Höök; Marta Bally; Fredrik Westerlund; Elin Esbjörner Winters

Publiceringsår: 2020

Publicerat i:

Publikationstyp: Konferensbidrag (offentliggjort, men ej förlagsutgivet)
Studying the Intramolecular Forces of Base-Modified Nucleic Acids using Optical Tweezers

Författare: Vinoth Sundar Rajan; Xavier Viader; Yii Lih Lin; Felix Ritort; Fredrik Westerlund; Marcus Wilhelmsson

Publiceringsår: 2020

Publicerat i:

Publikationstyp: Poster (konferens)
Effect of Chirality on the Elastic Properties of the DNA-Threading Binuclear Ruthenium Complex

Författare: Adam A. Jabak; Nicholas Bryden; Fredrik Westerlund; Per Lincoln; Micah J. McCauley; Ioulia F. Rouzina; Mark C. Williams; Thayaparan Paramanathan

Publiceringsår: 2020

Publicerat i: Biophysical Journal

Publikationstyp: Paper i proceeding
Identifying Evolutionarily Conserved Features of NHEJ from Prokaryotes to Eukaryotes using Single-Molecule Approaches

Författare: Robin Öz; Rajhans Sharma; Sriram Kesarimangalam; Fredrik Westerlund

Publiceringsår: 2020

Publicerat i:

Publikationstyp: Konferensbidrag (offentliggjort, men ej förlagsutgivet)
Real-Time Condensation of Nanoconfined DNA by an Intrinsically Disordered Polycationic Protein

Författare: Rajhans Sharma; Sriram Kesarimangalam; Erik D. Holmstrom; Fredrik Westerlund

Publiceringsår: 2020

Publicerat i: Biophysical Journal

Publikationstyp: Paper i proceeding
DNA Bridging by the Homologous Recombination Component CtIP Investigated on the Single DNA Molecule Level

Författare: Robin Öz; Sriram Kesarimangalam; Fredrik Westerlund

Publiceringsår: 2020

Publicerat i:

Publikationstyp: Konferensbidrag (offentliggjort, men ej förlagsutgivet)
2019
Bacterial identification by optical mapping of genomic DNA in nanofluidic channels

Författare: My Nyblom; Vilhelm Müller; Anna Johnning; Marie Wrande; Albertas Dvirnas; Sriram Kesarimangalam; Christian G. Giske; Tobias Ambjörnsson; L. Sandegren; Erik Kristiansson; Fredrik Westerlund

Publiceringsår: 2019

Publicerat i: 23rd International Conference on Miniaturized Systems for Chemistry and Life Sciences, MicroTAS 2019

Publikationstyp: Paper i proceeding
Optical DNA mapping using nanochannels for identification of plasmids carrying carbapenemase blandm-1 gene from patients admitted to a Vietnamese hospital

Författare: Sriram Kesarimangalam; Maud Nilsson; Björn Berglund; Linus Olson; Hoang Bich Ngoc; Tran Minh Dien; Mattias Larsson; Håkan Hanberger; Christian G. Giske; Fredrik Westerlund

Publiceringsår: 2019

Publicerat i: 23rd International Conference on Miniaturized Systems for Chemistry and Life Sciences, MicroTAS 2019

Publikationstyp: Paper i proceeding
Multiplexed optical DNA mapping to identify plasmids and their resistance genes in fecal samples

Författare: Sriram Kesarimangalam; Yii Lih Lin; Tsegaye Sewunet; Shoeib Nematzadeh; Christian G. Giske; Fredrik Westerlund

Publiceringsår: 2019

Publicerat i: 23rd International Conference on Miniaturized Systems for Chemistry and Life Sciences, MicroTAS 2019

Publikationstyp: Paper i proceeding
High throughput size-determination and multiplexed fluorescence analysis of single biological particles in a nanofluidic device

Författare: Quentin Lubart; Sune Levin; Stephan Block; Silver Jõemetsa; Sriram Kesarimangalam; Fredrik Höök; Marta Bally; Elin Esbjörner Winters; Fredrik Westerlund

Publiceringsår: 2019

Publicerat i: 23rd International Conference on Miniaturized Systems for Chemistry and Life Sciences, MicroTAS 2019

Publikationstyp: Paper i proceeding
Developing an optical DNA mapping toolbox to identify chromosomal translocations in acute myeloid leukemia

Författare: Miriam Hitz; Gaurav Goyal; Vilhelm Müller; Linda Fogelstrand; Fredrik Westerlund

Publiceringsår: 2019

Publicerat i: 23rd International Conference on Miniaturized Systems for Chemistry and Life Sciences, MicroTAS 2019

Publikationstyp: Paper i proceeding
A nanofluidic device for parallel single nanoparticle catalysis in solution

Författare: Sune Levin; Joachim Fritzsche; Sara Nilsson; August Runemark; Bhausaheb Kashinath Dhokale; Henrik Ström; Henrik Sundén; Christoph Langhammer; Fredrik Westerlund

Publiceringsår: 2019

Publicerat i: Nature Communications

Publikationstyp: Artikel i vetenskaplig tidskrift
Optical DNA Mapping Combined with Cas9-Targeted Resistance Gene Identification for Rapid Tracking of Resistance Plasmids in a Neonatal Intensive Care Unit Outbreak

Författare: Santosh Kumar Bikarolla; Viveka Nordberg; Fredrika Rajer; Vilhelm Müller; Muhammad Humaun Kabir; Sriram Kesarimangalam; Albertas Dvirnas; Tobias Ambjornsson; Christian G. Giske; Lars Navér; Linus Sandegren; Fredrik Westerlund

Publiceringsår: 2019

Publicerat i: mBio

Publikationstyp: Artikel i vetenskaplig tidskrift
Alpha-Synuclein Binds to DNA and Modulates its Physical Properties

Författare: Kai Jiang; Sandra Rocha; Alvina Westling; Sriram Kesarimangalam; Kevin D. Dorfman; Pernilla Wittung Stafshede; Fredrik Westerlund

Publiceringsår: 2019

Publicerat i: Biophysical Journal

Publikationstyp: Paper i proceeding
Annealing of ssDNA and compaction of dsDNA by the HIV-1 nucleocapsid and Gag proteins visualized using nanofluidic channels

Författare: Kai Jiang; Nicolas Humbert; Sriram Kesarimangalam; Thiebault Lequeu; Yii Lih Lin; Yves Mely; Fredrik Westerlund

Publiceringsår: 2019

Publicerat i: Quarterly Reviews of Biophysics

Publikationstyp: Artikel i vetenskaplig tidskrift
A nanofluidic device for real-time visualization of DNA–protein interactions on the single DNA molecule level

Författare: Robin Öz; Sriram Kk; Fredrik Westerlund

Publiceringsår: 2019

Publicerat i: Nanoscale

Publikationstyp: Artikel i vetenskaplig tidskrift
Genetic variation in the conjugative plasmidome of a hospital effluent multidrug resistant Escherichia coli strain

Författare: Catarina Ferreira; D. Bogas; Santosh K. Bikarolla; Ana Rita Varela; Karolin Frykholm; Raquel Linheiro; O. C. Nunes; Fredrik Westerlund; C. M. Manaia

Publiceringsår: 2019

Publicerat i: Chemosphere

Publikationstyp: Artikel i vetenskaplig tidskrift

Gå till Chalmers publikationsbibliotek

Projekt
2020-08-24 — 2021-05-17

Detection and characterization of chromosomal translocations in acute leukemia using optical DNA...
2020-01-01 — 2022-12-31

Förbättrad cancerbehandling av barn känsliga för DNA-skador
2020-01-01 — 2022-12-31

Förbättrad diagnos av akut leukemi hos barn
2020-01-01 — 2022-12-31

Identifiering av bakteriella infektioner och antibiotikaresistens i låginkomstländer via "optical...
2021-01-01 — 2024-12-31

Visualisering av DNA-Reparation - En Molekyl i Taget
2020-04-01 — 2025-03-31

nanoDNArepair
Avslutade
2017-08-01 — 2019-07-31

A novel ultrafast method for detecting multiresistant bacteria in intensive care units
2019-12-01 — 2020-09-30

Basal oxidative damage level assay (BODLA)
2017-01-01 — 2019-12-31

Bärbar diagnostik för sjukdom och antibiotikaresistans med fokus på malaria och bakterieinfektioner
2016-11-01 — 2018-04-30

Characterization of bacterial plasmids on a smartphone
2012-01-01 — 2015-12-31

En nanofluidisk plattform för studier av biomolekyler på enkelmolekylnivå
2015-06-01 — 2019-12-31

Genomic diagnostics beyond the sequence (BeyondSeq)
2018-01-01 — 2020-12-31

Individanpassning av cancerbehandling med cellgifter genom direkt mätning av DNA-skador
2017-01-01 — 2019-12-31

Mätning av DNA-skador som ett sätt att individanpassa cancerbehandling med cellgifter
2014-01-01 — 2016-12-31

Nanofluidics for ultrafast diagnosis of bacterial infections (NanoDiaBac)
2015-01-01 — 2016-12-31

Odlingsfri identifiering av antibiotikaresistens
2018-04-01 — 2020-12-31

Plasmididentifikation och -detektion i Sydostasien - Enterobacteriaceae resistenta mot sista...
2016-07-01 — 2018-12-31

Studier av DNA-reparation på enskilda DNA-molekyler

Sidansvarig Publicerad: ti 01 sep 2020.

Fredrik Westerlund

Senaste publikationer

2020

2019

Projekt

Avslutade