BBTX01-22-05

Projektförslag för kandidatarbete inom inst. Kemi och kemiteknik och Biologi och bioteknik

 

En enkel och effektiv metod för att sträcka DNA för detektion av antibiotikaresistens i låginkomstländer

 

Avdelningen för Kemisk biologi,

Institutionen för Biologi och Bioteknik, Chalmers tekniska högskola 

 

 

Bakgrund  

Antibiotikaresistens hos bakterier är ett stort globalt hälsoproblem. Utan effektiva antibiotika kommer många fler att dö till följd av infektioner och vi kommer inte längre kunna göra alla de operationer som görs idag då risken för infektion skulle vara för stor. I låginkomstländer är resurserna för att identifiera antibiotikaresistens små och ofta får man testa sig fram för att hitta rätt antibiotika till patienten då det är vanligt med bakterier som är resistenta mot förstahandsvalet av antibiotika. Detta i kombination med hög belastning på sjukhusen och underbemanning gör att både infektioner och antibiotikaresistens sprids även inom sjukhusen.

En enkel och billig metod för att identifiera antibiotikaresistens skulle innebära både bättre behandling och en möjlighet att minska spridning i sjukhusmiljöer.

 

Problembeskrivning  

Vi har utvecklat en metod för att detektera antibiotikaresistens som bygger på ”optical DNA mapping”. Vi använder CRISPR/Cas9 för att markera den gen som ger resistens och genom att sedan färga DNA och sträcka ut det i nanokanaler så kan vi titta på det i mikroskop och avgöra om ett prov innehåller en viss resistensgen. Idag använder vi oss av nanofluidik och förhållandevis dyra mikroskop för att göra analysen. För att göra metoden mer tillgänglig så vill vi nu modifiera den så att den kan användas direkt på sjukhus i låginkomstländer. Det betyder att vi behöver byta till enklare mikroskop och att vi vill sträcka vårt DNA på glas i stället för i nanokanaler. Detta projekt syftar till att utveckla en metod för att effektivt och reproducerbart sträcka DNA på glas och identifiera resistensgener.

 

Genomförande /Viktiga moment/teknikinnehåll 

 

1. Litteraturstudie - hur gör andra för att sträcka DNA på glas?

2. Testa olika sätt att sträcka DNA – använd mikroskop för att utvärdera

3. Välj den bästa metoden och undersök reproducerbarheten

4. Utveckla nya sätt att detektera gener med enkla mikroskop

 

Speciella förkunskapskrav: Kunskaper motsvarande de 2,5 första åren på civilingenjörsprogrammen K, Kf eller Bt.

 

Möjlig målgrupp: K, Kf, Bt.

 

Gruppstorlek: 4-6 studenter 

 

kontaktperson/huvudhandledare: Moa Wranne

Övriga handledare: Fredrik Westerlund och Gaurav Goyal

 

Sidansvarig Publicerad: on 03 nov 2021.