MVEX01-16-17 Hoppande gener och antibiotikaresistens

Bakterier har en enorm förmåga att anpassa sig till sin omgivning. Detta sker genom naturlig selektion där endast de bakterier som har rätt arvsmassa (DNA) överlever. Ett sätt för en bakterie att förändra sin arvsmassa är byta så kallande hoppande gener med andra bakterier och på det sättet få helt nya egenskaper. Ett viktigt exempel där detta är av stor betydelse är bakterier som utvecklar motståndskraft mot antibiotika.
 
Går det att uppskatta hur sannolikt det är att en bakterie tagit upp DNA från andra arter under evolutionens gång genom att enbart titta på bakteriens DNA-sekvens? Detta projekt syftar till att utveckla matematiska och bioinformatiska metoder för att beräkna den så kallade plasticiteten hos arvsmassan hos bakterier för att avgöra hur mycket DNA som tagits upp från andra arter. I projektet kommer vi även att analysera arvsmassan från flera olika typer av bakterier, inklusive både multiresistenta superbakterier och harmlösa bakterier från naturen.
 
Projektet kombinerar matematisk statistik och bioinformatik med målet att analysera DNA-sekvenser. Projektet kommer därför innehålla en del programmering. Studenterna ska ha läst en grundkurs i matematisk statistik.
 
Projektet är lämpligt för alla studenter på chalmersprogrammen Bt, D, F, IT och TM.
Obs! För GU-studenter räknas projektet som ett projekt i Matematisk Statistik (MSG900/MSG910).
 
Projektkod: MVEX01-16-17
Gruppstorlek: 3-6
Handledare:  Mariana Pereira, 031-7723558, marbuo@chalmers.se;Tobias Österlund, 031-7723560, tobiaso@chalmers.se och Erik Kristiansson, 0317723521, erik.kristiansson@chalmers.se
Examinator: Maria Roginskaya
Institution: Matematiska vetenskaper

Publicerad: fr 30 okt 2015.