MVEX01-15-20 Beviskraft i data från Y-kromosomer vid släktskapsanalyser

För att ta reda på om en man är far till ett barn kan man göra ett DNA-test där man testar vissa DNA-markörer hos modern, barnet, och den möjliga fadern. Om markörerna hos den senare “passar in” med data från mor och barn så behöver man göra en statistisk beräkning för hur sannolikt det är att en sådan match är slumpmässig, det vill säga att man behöver beräkna beviskraften i data. På samma sätt så skulle data där den möjliga fadern tillsynes inte “passar in” kunna vara ett resultat av mutationer, så beviskraften måste även här beräknas.
 
Även för andra släktskapsförhållanden, så som till exempel halvsyskon eller kusiner, kan man använda samma metoder för att beräkna beviskraft i data för och mot olika hypoteser.
 
Oftast används DNA-markörer på “autosomala kromosomer”, dvs. kromosomer där man får en kopia av sin mor och en från sin far. I vissa fall kan man få bättre beviskraft om man också använder markörer som finns på Y-kromosomer, som bara ärvs från far till son. Att beräkna beviskraften för sådana data behöver ta hänsyn till denna annorlunda nedärvningen, så att männen i ett helt släkte har samma eller nästan samma Y-kromosom.
 
Projektet fokuserar på att beräkna beviskraften i DNA-data som kommer från både autosomala markörer och Y-kromosomer. Detta kan främst göras genom att på ett mera noggrant sätt specificerar sammansatta hypoteser, och använder information om hur Y-kromosomer fördelar sig och sprider sig i populationen.
 
Tekniskt kommer beräkningar att göras med R, och R-paketet Familias, så det är en fördel om man har någon erfarenhet med R och programmering. Teoretiskt är det Bayesiansk inferens som är grunden man bygger på.
Obs! För GU-studenter räknas projektet som ett projekt i Matematisk Statistik (MSG900/MSG910).
 
Projektkod MVEX01-15-20
Gruppstorlek 3-4
Handledare Petter Mostad, 031-7723579 , mostad@math.chalmers.se
Examinator Maria Roginskaya
Institution Matematiska vetenskaper

Publicerad: lö 01 nov 2014. Ändrad: må 10 jun 2019