MVEX01-14-10 Missing heritability eller misslyckad modellering

Under de senaste 10 åren har man med en metod som kallas GWAS  (Genome-Wide association studies) identifierat mängder av genetiska varianter på genomet som är involverade i komplexa sjukdomar. En sjukdom som t ex Celiaki (glutenintolerans) har ca 50 sådana identifierade varianter.  Av de varianter man funnit vet man dock sällan om de är den rätta sjukdomsorsakande varianten eller om det bara är en variation som på grund av sin fysiska närhet på kromosomen (sk LD – linkage disequilibrium) får en association till sjukdomen. Därutöver verkar de funna varianterna bara förklara en mindre del av den uppskattade ärftlighet som man observerar i populationen (utan molekylärgenetiska metoder). Denna diskrepans mellan hur stark ärftligheten ter sig i populationen och vad som kan förklaras med enkla additiva modeller kallas allmänt ”missing heritability”. Det finns olika förklaringsmodeller för hur denna diskrepans uppstår. Dels att det finns en stor mängd ovanliga genetiska varianter som ännu inte upptäckts, dels att man inte funnit rätt varianter, utan bara varianter i närheten (i LD till den rätta varianten). Den troligaste förklaringen är dock att de polygena modeller som använts framgångsrikt vid grisavel inte lämpar sig för att förklara komplexa sjukdomar där en hög grad av heterogenitet och gen-gen interaktion är rimliga modeller.
 

I projektet ska vi studera fenomenet teoretiskt och med hjälp av simuleringar. Vi ska också använda data från verkliga sjukdomar för att avgöra för vilka det är tänkbart att man faktiskt har funnit de varianter som är av praktisk betydelse för sjukdomsuppkomsten. I förlängningen har dessa resonemang stor ekonomisk betydelse. Det finns idag en trend att bara utöka stickproven för att hoppas hitta fler genetiska varianter. Denna trend stöds givetvis av företagen som tillverkar utrustning och kemikalier.  Forskningen borde snarare inriktas mot att finna de komplexa interaktionsmodeller som förklarar sjukdomsuppkomsten mha av de redan funna varianterna

 

 

Projektkod MVEX01-14-10
Gruppstorlek 3-4
Speciella förkunskapskrav Grundkurs i statistik.
Handledare Staffan Nilsson, staffan.nilsson@chalmers.se

 

Examinator Maria Roginskaya
Institution Matematiska vetenskaper

 

 

 

 

 

Publicerad: lö 26 okt 2013. Ändrad: fr 11 aug 2017