Matematiska vetenskaper är organiserad i två enheter, Matematik och Matematisk statistik, och har två centrumbildningar, Stokastiskt centrum och Gothenburg Mathematical Modelling Centre (GMMC). Några av lärarna sitter huvudsakligen på Campus Lindholmen. Prefekt Bo Johansson och övriga i ledningsgruppen ansvarar för det löpande arbetet. Institutionsrådet behandlar mer övergripande frågor. Studierektorer och linjeledare har ansvar för utbildningen. Forskningen är organiserad i forskargrupper.