Storinstitutionen leds av en prefekt.

Forskarutbildningen sker inom forskarskolor som kan ligga på en institution eller över flera. En forskarskola leds av institutionens proprefekt. Viceprefekten tar ett helhetsansvar för institutionens leverans av kurser till grundutbildningsorganisationen.

Institutionen delas upp i avdelningar innefattande flera forskargrupper med en avdelningschef, eller i separata forskargrupper ledda av forskargruppsledare. 

All administration ligger direkt under institutionens administrative chef.